Komisijos pirmininko pavaduotoju bus Vyriausybės kancleris, komisijoje dirbs šeši viceministrai - užsienio reikalų, krašto apsaugos, kultūros, socialinės apsaugos ir darbo, švietimo ir mokslo bei teisingumo, taip pat Lietuvos vyriausiasis archyvaras.
2000 metais Lietuvos Seimas ratifikavo tris Lietuvos ir Šventojo Sosto sutartis - dėl santykių tarp Katalikų Bažnyčios ir valstybės teisinių aspektų, dėl kariuomenėje tarnaujančių katalikų sielovados ir dėl bendradarbiavimo švietimo ir kultūros srityje. Siekiant įgyvendinti minėtųjų sutarčių nuostatas, 2001 m. buvo sudaryta dvišalės mišrios komisijos tarptautinių sutarčių su Šventuoju Sostu nuostatoms vykdyti dalis, atstovaujanti Lietuvai, kuriai iki šiol vadovavo Vyriausybės kancleris.
Ankstesnis nutarimas pakeistas "įvertinant Lietuvos Respublikos ir Šventojo Sosto santykių istorinę svarbą bei Katalikų Bažnyčios liudijamų vertybių aktualumą šiandieninei visuomenei".