Dabartinius mokesčių už valstybinius gamtos išteklius, išskyrus naftą ir dujas, tarifus yra nustačiusi Vyriausybė. Todėl nutarimais nustatytus mokesčių už valstybinius gamtos išteklius – naudingąsias iškasenas, vandenį, medžiojamuosius gyvūnus ir žuvis – tarifus, jų indeksavimo tvarką siūloma perkelti į naujos redakcijos įstatymą.

Siūlomas jo projektas numato, kad mokestis bus mokamas už faktinį per mokestinį laikotarpį išgautą išteklių kiekį ir atsisakyta mokėjimų avansu pagal planuojamą išgauti išteklių kiekį.

Mokesčiai už valstybinius gamtos išteklius, išskyrus medžiojamuosius gyvūnus ir žuvis, įplauks į valstybės biudžetą. Mokesčiai už medžiojamuosius gyvūnus bus paskirstomi taip pat, kaip dabar: 70 proc. jų atiteks savivaldybės, kurios teritorijoje medžiojama, biudžetui ir 30 proc. – valstybės biudžetui.

Mokesčiai už žuvų išteklius bus įskaityti į valstybės biudžetą ir naudojami šiems ištekliams saugoti bei atkurti. Siūloma, kad minėtosios Įstatymo nuostatos įsigaliotų 2007 m. sausio 1 dieną.

Kad šis naujos redakcijos Mokesčių už valstybinius gamtos išteklius įstatymas atitiktų kitus teisės aktus, reikėtų pakeisti Mokesčių administravimo įstatymo 16 straipsnį, kuris numatytų, kad mokesčius už žuvų išteklius Lietuvos teritoriniuose vandenyse Baltijos jūroje administruos Žemės ūkio ministerija ar jos įgaliota institucija.