Sukilėliai greitai užėmė Kauną, kitose Lietuvos dalyse pradėjo veikti partizanų būriai, kurie apšaudė besitraukiančius raudonarmiečius ir į savo rankas perėmė valdžią. Savaitės pabaigoje sovietų valdžios neliko nė kvapo, bet tai iš esmės - Vokietijos kariuomenės nuopelnas.
Dėl daug ko nesutariama: pvz., kiek buvo sukilėlių, kiek jų žuvo, ar jie veikė vieningai ir taip toliau. Išeivijoje buvo teigiama, kad žuvo 4 000 vyrų, nors minimi įvairūs skaičiai. Dabar manoma, kad žuvo nuo 300 iki 500 sukilėlių. Kadaise buvo teigiama, jog sukilime dalyvavo šimtas tūkstančių vyrų ar net daugiau. Bet veikiausiai sukilėlių būta apie 10–15 tūkstančių.
Kai kalbama ir rašoma apie sukilėlius, nėra visiškai aišku, ar partizanais buvo laikomi tik tie, kurie įsijungė į kovą vokiečiams dar neatvykus, ar ir tie, kurie vėliau užsirišo baltus raiščius. LAF stengėsi telkti sukilėlius ir jiems vadovauti, bet centralizuotas pogrindis tik kūrėsi, tad manytina, kad daugelis kovotojų, net ištisi būriai, stichiškai įsitraukė į sukilimą.
Visada būta skeptikų, kurie sukilimą laikė beprasmiu. Esą vokiečiai vis tiek būtų išviję bolševikus, tad aukos buvo beprasmės ir bergždžios. Post factum visi esame gudrūs. Jei sukilimo tikslas buvo iškovoti nepriklausomybę arba protektorato statusą, tai sukilimas savo nepasiekė. Kai kurie LAF vadovai gana naiviai pasitikėjo nacių gera valia, kurios nebuvo. Bet nutarimą, ar sėdėti sudėjus rankas, ar sukilti ir kovoti reikėjo priimti karui dar neprasidėjus, o ne jam pasibaigus.
Nereikia užmiršti, kad dar nebuvo visiškai atsiskleidęs nacių bjaurumas. Lenkijos žydai buvo suvaryti į getus, bet nebuvo masiškai žudomi. Slovakija turėjo suverenumo požymių, Daniją didele dalimi valdė danai (vokiečių ir danų valdininkų santykis buvo 1:43 000). Buvo galima manyti, kad vokiečiai elgsis racionaliai, ieškos sąjungininkų kovoję su bolševikais, tad ir darys kai kurių nuolaidų. Bet to nebuvo.
Sukilėliams ir LLV priekaištaujama, kad jie kolaboravo su naciais. Neginčytina, kad sukilimas buvo derinamas su Vokietija, kad LAF vadovybė bendravo su Abwehru, kalbėjosi ir su Gestapu. Reikėjo derinti sukilimą su karo pradžia, nes sukilėliai vieni negalėjo priešintis sovietų pajėgoms, juolab Raudonajai armijai.
Nors sukilėliai bendradarbiavo su naciais, jie priešinosi vokiečių politiniams tikslams, atvirai ir atkakliai siekdami Lietuvos nepriklausomybės. Negalima LLV lyginti su Justo Paleckio vyriausybe. Justas Paleckis bendradarbiavo su sovietais, laidodamas Lietuvos nepriklausomybę, LLV bendravo su naciais, siekdama atkurti nepriklausomybę.
Kazys Škirpa ne kartą atsakingiems Vokietijos Užsienio reikalų ministerijos pareigūnams raštu ir žodžiu skelbė, kad Lietuva tikisi atgauti savo laisvę ir suverenumą. Tris dienas prieš karo pradžią jis perdavė memorandumą Ribbentropui, kuriame tarp kita ko rašoma, kad patys lietuviai turi spręsti savo vyriausybės sudėtį.
Karui prasidėjus, K. Škirpai buvo paskelbtas namų areštas, jam nebuvo leista grįžti į Lietuvą. Vokiečiai įvairiausiais būdais trukdė LLV veiklai, skatino voldemarininkus surengti perversmą prieš ją. LLV atsisakė tapti vokiečių valdžios patikėtinių taryba ir po šešių savaičių nutraukė savo veikimą. Daugelis sukilimo vadovų įsitraukė į antinacinę rezistenciją, ne vienas buvo suimtas.
LLV ir sukilėliai negalėjo paveikti vokiečių, bet ir nešoko pagal vokiečių dūdelę. Pats LLV sudarymas, pats vyriausybės pavadinimas buvo iššūkis vokiečiams. LLV pasisekė išsaugoti didesnę veikimo laisvę, bet saugumo policija ir savisaugos batalionai buvo tiesiogiai pavaldūs vokiečiams ir įtraukti į žudymo akcijas. Vietos savivaldybės irgi buvo verčiamos paklusti vokiečių galiai.
Opiausias klausimas yra žydų žudymas. Žudynės Lietūkio garaže bei Vilijampolėje vyko pirmomis karo dienomis, ir jei vokiečiai skatino žudymus, lietuviai juos vykdė. LLV nepasmerkė jų viešai. Tad vieni stengiasi sukilimą vaizduoti nacių kolaborantų diriguojama uvertiūra masinėms žudynėms. Kitiems žudymai vyko bendrame sukilimo fone, bet nebuvo susieti vienas su kitu. Pirmuoju atveju sukilimas sutapatinamas su žudynėmis, kitu atveju žudynės laikomas nereikšmingu epifenomenu. Nei viena, nei kita interpretacija neįtikina.
Nors jau vėlu, reikėtų mėginti detaliau atkurti sukilimo eigą, atkreipiant dėmesį į du momentus. Pirma, ištirti, kiek ir kokiomis sąlygomis įvyko išpuolių prieš žydus ir kiek būta susirėmimų su partiniu aktyvu, naciams dar neatvykus. Antra, reikia atsargiau vartoti sukilėlių, partizanų ir baltaraiščių sąvokas. Kartais visi sukilėliai sutapatinami su baltaraiščiais, o visi baltaraiščiai su žudikais. Sukilėlio ir žudiko sutapatinimas tiek pat ydingas, kaip žydų ir komunistų sutapatinimas antisemitų demonologijoje.
Reikėtų vykdyti tyrimus, siekiant atskirti tris žmonių grupes - sukilėlius, kurie tik kovojo su okupantu, į žudynes įsitraukusius sukilėlius, ir pogromų vykdytojus, kurie išvis nekovojo su okupantu. Darbas nebūtų lengvas, bet gal ir nebergždžias, nes turime sukilėlių sąrašų. Būta daug nepriekaištingų kovotojų, nesusitepusių krauju ir vėliau įsitraukusių į antinacinę rezistencija kaip Pilypas Narutis. Tai vienas pagrindinių sukilimo organizatorių, kuris buvo suimtas 1943 m. ir išsiųstas į Stutthofo koncentracijos stovyklą.
Verta prisiminti sukilėlių sudėtį. Didelį vaidmenį turėjo studentai, ypač ateitininkai, visuomenės veikėjai, jauni karininkai, universiteto dėstytojai, paprasti ūkininkai. Tai buvo lietuvių visuomenės skerspjūvis, o ne tik kariškių grupė.
Kyla klausimas, į kokį pasakojimą reikia įkomponuoti sukilimą. Prestižiniame JAV istorijos žurnale „Kritika“ žinomas istorikas Alfredas J. Rieberis paskelbė straipsnį apie pilietinius karus Sovietijoje per Antrąjį pasaulinį karą ir po jo. Jis teigia, kad sukilime dalyvavo nuo 100 iki 125 tūkst.žmonių, kad Kaunas buvo išvaduotas ir buvo sudaryta LLV (jis mini ir žudymus Kaune).
Rieberis tvirtina, kad ir vėliau lietuviai pralenkė kitus Baltijos šalių gyventojus savo politiniu sąmoningumu ir organizuotumu, aktyviai dalyvavo partizanų pasipriešinime. Rieberis daro faktinių klaidų, kaip ir dar žinomesnis istorikas Timothy’is Snyderis savo „Bloodlands“, teigdamas, jog |K. Škirpa sugrįžo į Lietuvą su vokiečiais ir per radijo laidas skatino lietuvius žudyti žydus. (Tai, kad žurnalo ir knygos redaktoriai nepastebėjo klaidų, rodo, kiek mažai dar žinoma apie Lietuvą).
Galima pratęsti Rieberio įžvalgas. Lietuviai vieninteliai iš Baltijos šalių sukilo ir sudarė Laikinąją vyriausybę. Antinacinė rezistencija buvo gerai organizuota ir sulaukė tautos pritarimo. 1943 m. lietuviai vieninteliai boikotavo SS legiono steigimą (nors policijos batalionai dalyvavo žudynėse ne tik Lietuvos teritorijoje, bet ir už jos). Rezistencijos raginami 1944 m. savanoriai entuziastingai stojo į Vietinę rinktinę, kuri turėjo būti Lietuvos kariuomenės užuomazga. Tik Ukrainoje partizaninis pasipriešinimas buvo atkaklesnis ir platesnio masto.
Verta prisiminti, kad 1945 m. vasarą sugalvojus Lietuvos inkorporavimo į SSSR penkerių metinių proga siųsti Stalinui padėkos laišką su Lietuvos gyventojų parašais, įvyko spontaniškas, beveik visuotinis boikotas. Lavrentijui Berijai siųstame raporte tarp kita ko pažymima, kad vienoje Švenčionių valsčiaus apylinkės taryboje „iš 100 susirinkime dalyvavusių žmonių laišką drg. Stalinui pasirašė tik apylinkės pirmininkas“.
Šiame kontekste sukilimas yra reikšmingas momentas Lietuvos pasipriešinimo istorijoje, pirmasis ilgos kovos dėl Lietuvos nepriklausomybės žingsnis, atskleidžiantis gyventojų politinį sąmoningumą bei ryžtą nesusitaikyti su Lietuvos okupacija. Bet nereikia užmiršti tamsiosios sukilimo pusės.