Pagal oficialią versiją, S. Allende prezidentūroje nusišovė, kai 1973-iaisiais jį apsupo generolo Augusto Pinocheto kariai. Prezidento mirties aplinkybės nebuvo oficialiai ištirtos, yra manančių, kad jį nužudė kareiviai ir nuslėpė nusikaltimą.
Po perversmo į valdžią atėjo generolas A. Pinochetas, kuris valdė 17 metų. Per jo valdymo laikotarpį per 3 tūkst. politinių oponentų arba dingo, arba juos nužudė kariškiai, dar daug tūkstančių buvo įkalinti ir kankinami.
S. Allende atvejis yra vienas iš 726 įtariamų žmogaus teisių pažeidimų, kuriuos pradėta tirti. S. Allende šeimai tai leidus, teisėjas suformavo Čilės ir užsienio teismo medicinos specialistų grupę, kuri bandys išsiaiškinti prezidento mirties aplinkybes.
S. Allende palaikų ekshumacija vyksta pirmadienį.