D. Pavalkio žmona figūruoja jau kelerius metus besitęsiančioje korupcijos byloje, moteris kaltinama didelės vertės sukčiavimu. Tačiau Specialiųjų tyrimų tarnybos pažymoje apie D. Pavalkį šios informacijos nebuvo, kadangi įstatymas reikalauja pateikti visą įmanomą informaciją apie aukštus postus užimti pretenduojančius politikus, bet ne apie jų sutuoktinius ar artimuosius.
Švietimo ir mokslo ministras D. Pavalkis kandidatuodamas į šias pareigas nebuvo informavęs prezidentės apie jo žmonai pateiktus kaltinimus, išaiškėjusią informaciją šalies vadovė vertina kaip labai rimtą, yra teigusi prezidentės patarėja Daiva Ulbinaitė. Premjeras Algirdas Butkevičius prisipažino, jog į švietimo ir mokslo ministrus skirdamas D. Pavalkį nežinojo, kad jo žmonos atžvilgiu atliekamas ikiteisminis tyrimas, ir neatmetė, kad, jeigu ministro žmona būtų nuteista, gali būti keliamas klausimas dėl D. Pavalkio tinkamumo eiti pareigas. Pats D. Pavalkis yra sakęs, jog tikisi, kad jo sutuoktinė bus išteisinta, o iškeltos bylos nelaikantis kliūtimi būti ministru.
Prieš penkerius metus buvo paskelbtas konkursas parengti Kauno Taikos ir Pramonės prospektų sankryžos rekonstrukcijos ir naujo viaduko statybos techninį projektą. Konkurse dalyvavo vienintelė bendrovė - "Miestprojektas", kuriai vadovavo E. Pavalkienė. Įtarimų sukėlė, kad skelbime duotas terminas projektui parengti - vos vienas mėnuo.
Konkursą laimėjo "Miestprojektas", nors projektą pasiūlė parengti už aštuonis kartus didesnę kainą nei pirkimui buvo numatyta. Bendrovė per mėnesį projekto neparengė, terminas buvo pratęstas pusmečiui. Iš viso bendrovei buvo sumokėta 763 tūkst. litų, o darbai neatlikti.