Anot KT, pagal Konstituciją įstatymų leidėjas, nepaneigdamas aukštųjų mokyklų autonomijos principo, įstatymais gali nustatyti aukštųjų mokyklų organizacinės ir valdymo struktūros pagrindus. Tačiau aukštųjų mokyklų valdymo institucijas, įgyvendinančias aukštosios mokyklos savivaldos funkcijas, formuoja pačios aukštosios mokyklos.
Anot KT, siekiant užtikrinti aukštųjų mokyklų autonomiją, aukštosios mokyklos privalo turėti finansinį savarankiškumą, todėl aukštųjų mokyklų savivaldos institucijoms turi būti priskirta funkcija priimti sprendimus dėl finansinių lėšų ir kito turto panaudojimo savo misijai įgyvendinti. Tokias institucijas formuoja pačios aukštosios mokyklos, paprastai iš savo akademinės bendruomenės narių.
Teismas pat pat pareiškė, kad valstybės vykdomosios valdžios institucijų atstovai gali būti skiriami į tokias aukštųjų mokyklų institucijas, kurios vykdo kontrolės ir priežiūros funkcijas ir kurių paskirtis - užtikrinti aukštosios mokyklos atsakomybę ir atskaitomybę visuomenei.
Tokių institucijų sudarymo būdus ir tvarką įstatymais gali nustatyti įstatymų leidėjas, nepaneigdamas aukštųjų mokyklų autonomijos principo.
Anksčiau paskelbtą nuostatą, kad aukštosios mokyklos "autonomija suprantama kaip teisė savarankiškai nustatyti ir įtvirtinti įstatuose ar statute savo organizacinę ir valdymo struktūrą" KT išaiškinti prašė parlamentaras Vydas Gedvilas.
Parlamentaras siekė išsiaiškinti, ar tokia norma reiškia, kad tik aukštosios mokyklos bendruomenė formuoja aukštosios mokyklos valdymo organus iš bendruomenės narių, ar kad juos formuoti gali ir vykdomosios valdžios institucijos, skirdamos į aukštosios mokyklos valdymo organus savo atstovus.
Konstitucinio Teismo taip pat klausta, ar ši autonomijos samprata reiškia, kad valstybė negali įstatymais ar kitais teisės aktais nustatyti ir įtvirtinti valstybinių aukštųjų mokyklų organizacinės ir valdymo struktūros bei šių struktūrų sudarymo būdų ir tvarkos.