Tačiau kai kuriems nelaimingiesiems tai nebūna istorijos pabaiga. Tam tikros infekcijos turi antrąjį etapą, kuris prasideda nuo kai kurių patogeno apsilankymo pasekmių. Kartais ši fiziologinė grandinė būna aiški. Vienas gerai žinomas pavyzdys yra susijęs su streptokoko atmaina, sukeliančia reumatinę širdies ligą, kai organizmo imuninė sistema pradeda atakuoja širdies audinius. Tačiau dažnai sąsajos būna miglotos – ypač turint reikalų su neurologiniais simptomais. Iš tikrųjų gali būti net neaišku, kuris patogenas čia yra kaltas.