Naujienų portalo 42.tut.by darbuotojai pasikalbėjo su mokslininku apie tai, kaip teorinę informatiką paversti „pandemijos tyrimais“, ir taip pat sužinojo, kokios koronaviruso atmainos siaučia Baltarusijoje.
Kai paaiškėjo, jog naujojo koronaviruso protrūkis virsta pandemija, P. Skumsas įsitraukė į SARS-CoV-2 genomo ir filogenetinės analizės darbus. Paprastai kalbant, mokslininkų komanda bando nustatyti viruso mutacijų atsiradimą, o tada gautus duomenis panaudoti plitimo maršrutams atsekti.
P. Skumsas paaiškino išsamiau:
– Viso pasaulio laboratorijos viruso genomo sekas skelbia visuotinėje duomenų bazėje GISAID. Joje esanti informacija laisvai prieinama visiems mokslininkams. Prieš keletą dienų duomenų bazėje pagaliau atsirado du viruso genomai iš Baltarusijos. Jie buvo sekvenuoti naudojant Respublikinio epidemiologijos ir mikrobiologijos mokslo ir praktikos centro surinktus mėginius. Dabar mūsų sumodeliuotas „perdavimo grafas“ atrodo taip: viršūnės yra SARS-CoV-2 atmainos, o briaunos nurodo tiesioginio arba netiesioginio (t. y. liga plinta neužfiksuojamomis tarpinėmis grandimis) viruso perdavimo atvejus.
Be manęs prie grafiko dirba bendradarbiai iš Visuomenės sveikatos mokyklos bei Kompiuterių mokslų katedros. Vienas iš jų – profesorius Gerardo Chowell-Puente, vadovaujantis Džordžijos valstijos universiteto Sveikatos apsaugos fakulteto Visuomenės sveikatos apsaugos mokslų katedrai. Jis yra epidemijų dinamikos prognozavimo specialistas. Šioje srityje profesorius dirba dar nuo sunkaus ūminio respiracinio sindromo (SŪRS) laikų ir nagrinėja klausimus žmonių populiacijos atžvilgiu.
Aš, jeigu galima taip pasakyti, tuos pačius klausimus nagrinėju viruso atžvilgiu. Dar du mūsų komandos nariai yra tiesiogiai susiję su Baltarusija: Aleksandras Kirpičas, biostatistikas iš Sveikatos apsaugos fakulteto (irgi baigė Baltarusijos valstybinį universitetą, bet mokslų daktaro laipsnį gavo JAV), ir Aleksandras Zelikovskis – dar vienas bioinformatikas iš Kompiuterių mokslų fakulteto. Jis yra išeivis iš Moldovos, tačiau aspirantūrą studijavo Minske.
– Kaip jūs nusprendžiate, kad, tarkime, šitas genomas pasireiškė Kinijoje, o štai šitas – Europoje?
– Ieškome genetinių ir epidemiologinių požymių, kurie leidžia ganėtinai tiksliai nustatyti, kaip plinta virusas.
Panagrinėkime Baltarusiją. Šiuo metu ten greičiausiai cirkuliuoja dvi koronaviruso atmainos, arba, teisingiau sakant, subpopuliacijos, kurias galima pavadinti europietiškąja ir iranietiškąja.
Europietiškosios atmainos seka yra labai artima vienam iš dominuojančių koronaviruso genomų, kuris buvo sekvenuotas įvairiose Europos šalyse, pavyzdžiui, Prancūzijoje, Italijoje, Čekijoje, Nyderlanduose, Vokietijoje. Galima daryti išvadą, jog mūsų variantas buvo atvežtas iš Europos ir kad jis yra europietiškosios subpopuliacijos derivatas.
Antroji Baltarusijos atmaina yra vienoje grupėje su sekomis iš Australijos, Naujosios Zelandijos, Pakistano ir kitų valstybių.
Atrodytų, ir koks gi čia ryšys su Baltarusija? Vis dėlto, kalbant apie keletą šiai grupei priklausančių sekų, galime tiksliai pasakyti, jog jų nešiotojai kažkuriuo momentu atvyko iš Irano. Iranas iki šiol nepateikė nė vieno išsamaus SARS-CoV-2 genomo, bet, atsižvelgdami į turimą informaciją, galime daryti prielaidą, jog minėtoji grupė – kol kas mums nežinomos didelės iranietiškosios grupės atšaka. Vadinasi, ir baltarusiškoji seka greičiausiai yra iranietiškojo varianto palikuonė.
Kiek man žinoma, šios išvados sutampa su mūsų epidemiologų išvadomis, padarytomis remiantis kitais šaltiniais. Maždaug taip ir tyrinėjame susirgimų protrūkius.
– Neseniai atsirado daug straipsnių, kuriuose teigiama, kad koronavirusas sugrįš rudenį ir bus dar labiau užkrečiamas.
– Pasakysiu atvirai: SARS-CoV-2 evoliucija kol kas mažai suprantama. Dabar bandome išsiaiškinti, ar yra kokių nors fenotipinių ypatybių skirtumų, ar koronavirusas evoliucionuoja, pavyzdžiui, darosi labiau arba mažiau užkrečiamas, o galbūt vyksta vadinamoji neutralioji evoliucija. Tikimės, kad viskas paaiškės laikui bėgant.
Taigi, jeigu išvysite publikaciją, kurioje bus tvirtinama kas nors panašaus į „aptikome mutaciją, dėl kurios koronavirusas tapo labiau užkrečiamas, arba virulentiškesnis“, nebūtina ja iš karto besąlygiškai patikėti. Tokių straipsnių preprintų archyvuose – pilna, tik dauguma jų nebuvo tinkamai recenzuoti. Visos šios teorijos dar nepatvirtintos, todėl neverta be reikalo skambinti pavojaus varpais.
Pastaruoju metu P. Skumsas ir jo kolegos nuo ryto iki vakaro dirba iš namų: universitete iki semestro galo taikomas nuotolinis mokymas. Beje, vietos gyventojai gali išeiti į lauką nebijodami baudos.
– Prieš kelias dienas Džordžijos valstijoje buvo paskelbtas karantinas, tačiau apribojimai daugiausia galioja verslininkams, tokiems kaip restoranų savininkai. Fiziniams asmenims taikomi reikalavimai yra gana migloti, net neaišku, kas gresia už jų nesilaikymą. Greičiausiai – nieko. Vakar išėjau apsipirkti. Gatvėse žmonių beveik tiek pat, kiek prieš įvedant karantiną. Aišku, jų mažiau, nei būdavo prieš prasidedant pandemijai. Nemažai gyventojų visgi sėdi namuose.
– Ar žmonės panikuoja?
– Nepanikuoja. Panika prasidės, kai gyventojai ims peštis parduotuvėse dėl paskutinio tualetinio popieriaus ritinėlio. Bet aš tokių vaizdų nematau. Tiesa, atsimenu, kai pirmosiomis pandemijos dienomis užėjau į prekybos centrą ir tarytum sugrįžau į vaikystę, į 1991-uosius: tuščios lentynos, tiesiog iššluoti konservai ir šaldyti maisto produktai. Įdomu tai, jog viename skyriuje nebebuvo šaldytos vištienos, bet esančiame šalia – šviežios vištienos tiek, kad nors vežimu vežk. Tai ne deficitas, o žmogiškasis veiksnys.
Baltarusijoje per praėjusią parą mirus dar keturiems koronavirusu užsikrėtusiems žmonėms, protrūkio aukų šalyje padaugėjo iki 40, ketvirtadienį pranešė Sveikatos apsaugos ministerija.
Tuo metu bendras asmenų, kuriems nustatyta koronavirusinė infekcija COVID-19, skaičius išaugo iki 4 204, per parą nustačius dar 476 užsikrėtimo atvejus, sakoma ministerijos pranešime.
Ministerija pridūrė, kad 65 pacientams reikalinga dirbtinė plaučių ventiliacija. Ankstesnę dieną jų buvo 68.
Iki ketvirtadienio Baltarusijoje buvo atlikta daugiau kaip 81 tūkst. testų COVID-19 nustatyti. Šį darbą dabar atlieka 24 laboratorijos.