S. Miscavige niekas viešumoje nematė jau daugiau nei dešimtmetį. O visi liudininkai, kurie apie tai prakalbo, jau paliko Scientologijos bažnyčią (priešingu atveju apie juos nieko nebūtume girdėję).
Tarp tokių žmonių yra buvęs Scientologijos bažnyčios rinkodaros vadovas Jeffersonas Hawkinsas, kuris jai priklausė 30 metų, australas buvęs specialiųjų reikalų direktorius Mike'as Rinderis ir buvęs vienas vadovų Tomas DeVochtas.
Pastarieji abu nusifilmavo „Oskaru“ apdovanoto režisieriaus Alexo Gibney'io režisuotoje Lawrence'o Wrighto knygos „Going Clear: Scientology, Hollywood, and the Prison of Belief“ adaptacijoje.
Šių buvusių Scientologijos bažnyčios narių teigimu, likus keliems mėnesiams iki savo dingimo 2005 metų rugpjūtį (nors oficialiai apie jos dingimą buvo pranešta tik po dvejų metų) Shelly reiškė savo susirūpinimą.
Ji taip pat apsisprendė įgyvendinti kelis rimtus dalykus, susijusius su prieštaringai vertinamo Scientologijos bažnyčios religinio ordino „SeaOrg“ (apibūdinamo kaip brutali stovykla) struktūros organizavimu.
Pasak M. Rinderio, 2005 metais Shelly pasikvietė jį pasikalbėti. „Žinojau, kad ji turėjo rimtų problemų. Tai buvo paskutinis mano pokalbis su Shelly“, – sakė jis.
Po savaitės S. Miscavige dingo.
Praėjus keliems mėnesiams po minėto pokalbio M. Rinderis buvo įkalintas bažnyčios stovykloje „The Hope“ daugiau nei metams ir buvo mušamas bei kankinamas. Scientologijos bažnyčią jis paliko 2007 išvykęs į Londoną.
2013 metais, praėjus maždaug aštuoneriems metams nuo tada, kai Shelly buvo matyta paskutinį kartą, Los Andželo policijos departamentui buvo pateiktas pareiškimas dėl jos dingimo. Jį pateikė Pulitzerio premijos laureatas žurnalistas ir knygos „Going Clear: Scientology, Hollywood, and the Prison of Belief“ autorius Lawrence'as Wrightas bei buvusi Scientologijos bažnyčios narė aktorė Leah Remini, kuri apie Scientologijos bažnyčią daug papasakojo neseniai išleistoje knygoje.
L. Remini yra sakiusi, kad jos pasitraukimui iš Scientologijos bažnyčios didelės įtakos turėjo Shelly dingimas. Esą ji nusprendė palikti bažnyčią nesulaukusi atsakymų į tai, kur yra jos draugė.
Scientologijos bažnyčia vėliau išplatino pareiškimą, kuriame apkaltino L. Remini siekiant pasireklamuoti bažnyčios sąskaita. Pareiškime taip pat buvo teigiama, kad Shelly niekur nedingo, yra gyva ir sveika ir „nenuleisdama rankų dirba bažnyčios labui vengdama viešumos“.
Los Andželo policijos departamentas pateiktą pareiškimą dėl Shelly dingimo pripažino nepagrįstu ir tyrimą nutraukė po to, kai buvo pareikšta, jog vienas policijos detektyvas neva asmeniškai kalbėjosi su S. Miscavige. Tačiau tas pareigūnas niekada nebuvo įvardintas, dėl ko pasigirdo kaltinimų dėl korupcijos ir mėginimo visą šią istoriją užglaistyti. Beje, Scientologijos bažnyčiai priklausantis Garsenybių centras dažnai renka aukas Los Andželo policijos departamentui paremti.
Žurnalistas, aktyvistas ir tinklaraštininkas Tony Ortega yra parašęs kelias dešimtis straipsnių apie S. Miscavige dingimą, o taip pat dažnai rašo apie bažnyčioje žmonių patiriamą smurtą. Savo tinklarašyje „The Underground Bunker“ jis skelbia interviu su palikusiais Scientologijos bažnyčią, taip pat esamais jos nariais, kurie sutinka anonimiškai atskleisti tam tikros informacijos apie jos veiklą.
T. Ortegos ir kelių vidinės informacijos apie Scientologijos bažnyčią turinčių žmonių teigimu, Shelly greičiausiai yra prieš savo valią laikoma slaptame Los Andželo kalnuose esančiame 200 ha ploto komplekse, vadinamame „Tvin Pyksu“.
2014 metais žurnale „Vanity Fair“ išspausdintame straipsnyje, kuris rėmėsi keliais neįvardytais šaltiniais, teigta, kad minėtas kompleksas yra saugomas ginkluotų apsaugininkų, yra aptvertas spygliuota viela, ten Shelly veikiausiai yra „perprogramuojama“.
Spėjama, kad į šį kompleksą Scientologijos bažnyčios vadovo žmona buvo atvežta kažkuriuo metu tarp 2005 metų rugpjūčio ir 2006 metų.
Skirtingai nuo kitų žmonių, T. Ortega mano, kad Shelly vis dar yra gyva. Teigiama, kad 2007 metų vasarą ji buvo kelioms dienoms išleista iš minėto komplekso, kad galėtų dalyvauti savo tėvo laidotuvėse.
2013 metais buvo skelbta, kad Shelly turi labai ribotų galimybių bendrauti su išoriniu pasauliu. Esą kartą vienas šeimos narys jos paklausė, kaip ji galėtų palikti kompleksą. „Yra tik vienas būdas“, – atsakė ji. M. Rinderis tokį jos pasakymą interpretavo kaip reiškiantį, jog tik dar vieno šeimos nario laidotuvės suteiktų jai galimybę išeiti už komplekso ribų.
Beje, būtent T. Ortega atkapstė, kad Shelly motina 1985 metais, praėjus ketveriems metams po to, kai Shelly ištekėjo už D. Miscavige'o, mirė labai mįslingomis aplinkybėmis. Jos kūnas buvo rastas su trimis šautinėmis žaizdomis galvoje ir viena krūtinėje. Oficiali jos mirties priežastis – „savižudybė“. Buvo aptikti net du priešmirtiniai rašteliai. Tačiau ant 52 metų moters riešų taip pat buvo aptiktos pjautinės žaizdos.