Prašymą atnaujinti procesą administracinės bylose šalys gali pateikti tik esant išimtinėms aplinkybėms. J. Marcinkus buvo įsitikinęs, kad jo bylą nagrinėję teismai esą netinkamai nustatė nagrinėjamai bylai reikšmingas aplinkybes, dėl to galimai netinkamai buvo įvertinti byloje esantys įrodymai.
Be to, jis nurodė, kad teismai pažeidė konstitucinę teisę žinoti, kuo jis yra kaltinamas. Jis taip pat tvirtino, kad teismai jį esą „provokavo imtis pamąstymų bei pačiam teikti prielaidas dėl atleidimo, t. y. duoti parodymus prieš save“.
J. Marcinkus prašyme taip pat pažymėjo, kad teismas nukrypo nuo administracinių teismų praktikos, kurią formuoja LVAT.
Buvusio Karinių oro pajėgų vado prašymą išnagrinėjusi LVAT teisėjų kolegija konstatavo, kad nėra pagrindo J. Marcinkaus byloje atnaujinti procesą ir jo prašymą atmetė kaip nepagrįstą.
J. Marcinkus į atsargą buvo išleistas po to, kai Krašto apsaugos ministerija jam panaikino leidimą dirbti su įslaptinta informacija.
„Teismo nuomone, J. Marcinkus, davęs Lietuvos Respublikai priesaiką šventai saugoti visas patikėtas jam paslaptis, ją sulaužė, savo veika 2005 m. rugsėjo 15 d. įvykusios Rusijos Federacijos orlaivio ,,Su-27“ avarijos Lietuvos Respublikos teritorijoje tyrimo metu sudarė prielaidas pagrįstai manyti, kad jis dėl savo asmeninių ir dalykinių savybių netinka darbui su įslaptinta informacija“, - yra konstatuota teismo sprendime.
J. Marcinkus tvirtino, kad buvo gavęs leidimą skambinti aukštam Rusijos karininkui ir sužinoti apie kariniame lėktuve buvusią ginkluotę. Teismas konstatavo, kad buvęs Karinių oro pajėgų vadas skambino mažiausiai 6-7 kartus.
J. Marcinkaus byloje liudijo ir tuometinis Lietuvos kariuomenės vadas generolas leitenantas Valdas Tutkus bei Gynybos štabo viršininkas generolas majoras Vitalijus Vaikšnoras. Jie neigė, kad J. Marcinkui davė leidimą skambinti Rusijos kariškiui dėl Jurbarko rajone nutikusios katastrofos tyrimo 2005-aisiais, kai avariją patyrė naikintuvas „Su-27“.
V. Tutkus neslėpė leidęs J. Marcinkui išeiti iš tarnybos savo noru, tačiau jis tokia išskirtine galimybe nepasinaudojo.
Buvęs KOP vadas J. Marcinkus teisme buvo pareiškęs, kad su Rusijos kariškiais norėjo susitikti siekdamas atlikti objektyvų tyrimą dėl katastrofos. Jis esą įtarė, kad naikintuvo kritimas buvo suplanuota provokacija.
J. Marcinkus siekė, kad teismas jo atleidimą iš pareigų ir išleidimą į atsargą pripažintų neteisėtu ir priteistų atlyginimą už visą priverstinės pravaikštos laiką.
Skunde teismui jis aiškino, jog 2005-ųjų rugsėjo 23-iąją buvo atleistas iš pareigų ir išleistas į atsargą neteisėtai. Esą jis nebuvo supažindintas su jokia pažyma ar medžiaga dėl jo atleidimo, nebuvo atliktas ir tarnybinis patikrinimas.
Jis taip pat piktinosi, kad buvo iškart išleistas į atsargą, jam nesuteikus galimybės būti perkeltam į laikinąjį rezervą kol būtų ištirti pažeidimai ar įtarimai dėl jam inkriminuojamos veikos.
Be to, atleidimo iš pareigų metu J. Marcinkus tvirtina turėjęs laikino nedarbingumo pažymėjimą, kurį jam išdavusi Krašto apsaugos ministerijos karo medicinos tarnyba.
KAM teismui nurodė, kad J. Marcinkus iš profesinės karo tarnybos išleistas į atsargą teisėtai, vadovaujantis Krašto apsaugos sistemos organizavimo ir karo tarnybos įstatymo nuostatomis – Valstybės saugumo departamentui pateikus KAM teikimą panaikinti jam išduotą leidimą naudotis valstybės ir tarnybos paslaptimis esančia informacija. Toks leidimas būtinas tarnaujant Karinių oro pajėgų vadu.