Spinduliuotė turėjo poveikį ir atmosferai, pavyzdžiui, sutrikdė ilgųjų bangų radijo komunikacijas. Šios bangos atsispindi žemutinėje jonosferos dalyje, 60-350 kilometrų aukštyje virš jūros lygio, o gama spinduliai stipriau jonizuoja šį regioną.
Pirmą kartą toks efektas pastebėtas dar 1988 metais. Pernykštis žybsnis turėjo ir kitą poveikį, pastebėtą pirmą kartą: paveikė ir viršutinę jonosferą, 350-950 kilometrų aukštyje virš jūros lygio. Kinijos-Italijos orbitinis zondas CSES, skirtas Žemės seismologiniams stebėjimams, žybsnio metu kaip tik skrido virš pietų Europos.
Žybsnio vieta danguje buvo tiesiai virš vakarinės Indijos dalies, o spinduliuotė apšvietė praktiškai pusę Žemės rutulio. 507 kilometrų aukštyje skridęs CSES užfiksavo staigų ir stiprų elektromagnetinio lauko pokytis savo aplinkoje.
Indukuoto elektrinio lauko stipris siekė 54 milivoltus metrui – apie tris kartus daugiau, nei tipinis ašigalinių pašvaisčių sukuriamas laukas. Pokytis buvo kryptingas – indukuotas laukas nukreiptas į šiaurės rytus link Žemės paviršiaus.
Manoma, jog jei gama spindulių žybsnis pataikytų į Žemę iš daug arčiau, jis galėtų sukelti globalią katastrofą sunaikindamas ozono sluoksnį ir įkaitindamas atmosferą.
Duomenys apie pernykščio žybsnio poveikį viršutinei jonosferai reikšmingai papildo mūsų žinias apie tokius įvykius ir suteiks geresnį pagrindą svarstymams apie dar galingesnių sprogimų žalą Žemei.
Gali būti, kad jonosfera Žemės paviršių nuo jų apsaugotų geriau, nei manyta iki šiol. Apskritai gama žybsnių pavojaus baimintis nereikėtų – vertinama, kad toks stiprus žybsnis, kaip pernykštis, Žemę pasiekia vieną kartą per 10 tūkstančių metų.
