1901 metais tam buvo gautas specialus caro leidimas. Šv.Mikalojaus bažnyčia tapo lietuvių traukos centru, kur net netikintieji ateidavo paklausyti lietuvių kalbos.
Spėjama, kad Šv.Mikalojaus bažnyčia pastatyta dar pagonybės laikais - galbūt 14 amžiaus pradžioje, Lietuvos didžiajam kunigaikščiui Gediminui perkėlus sostinę iš Trakų į Vilnių. Bažnyčia buvo skirta į miestą atvykusiems vokiečių pirkliams ir amatininkams, todėl jai teko tradicinis Vidurio Europai šv.Mikalojaus Miriečio - keliautojų ir pirklių globėjo - titulas.
Beveik septynis amžius stovinti gotikinė bažnyčia kelis kartus buvo remontuota ir perstatyta. Todėl jos interjere ryškios 14 amžiaus vėlyvosios gotikos ir 18 amžiaus vėlyvojo baroko formos.
19-20 amžių sandūroje bažnyčia, kurios atnaujinimą finansavo Vileišių šeima, tapo lietuvybės Vilniaus krašte centru.Pokario metais uždarius Vilniaus arkikatedrą baziliką, Šv.Mikalojaus bažnyčia faktiškai atliko katedros funkcijas.