Šiuo metu didžiausia pelkių problema sausėjimas ir paspartėjusi kaita. Pelkių plynės dėl šių reiškinių apauga sumedėjusia augalija, keičiasi žolių struktūra, išnyksta specifinės pelkių rūšys. Pelkių kaita yra natūralus procesas, tačiau dėl žmogaus ūkinės veiklos ir klimato kaitos pelkių apaugimas vyksta itin sparčiai. Anksčiau natūralią pelkių kaitą stabdydavo kanopinių žvėrių bandos, gaisrai, gyvulininkystė (tiek ganiava, tiek pelkių šienavimas). Dabar šių veiksnių įtakos beveik nėra.
Dar blogiau, prasidėjo pelkę tręšiančių medžiagų (nitratų, azoto, fosforo junginių) išplovimas paviršiniais ir požeminiais vandenimis. Šių medžiagų šaltiniai daugiausia yra žemės ūkis ir jame naudojamos trąšos.
Nors trąšų dabar naudojama mažiau, tačiau dideli jų kiekiai užkonservuoti aplinkoje, taip pat kaupiasi nenaudojamose pievose ir arimuose. Nemažai jų išplaunama su buitiniais nutekamaisiais vandenimis.
Anksčiau vykdyta melioracija ir besikeičiantis klimatas tik paspartina šių medžiagų išplovimą ir pelkių apaugimą. Valstybinės saugomų teritorijų tarnybos darbuotojams tenka girdėti skeptiškų nuomonių, kam pelkėse kertami krūmai, švaistomi pinigai. Kadangi dabar nelikę nei pelkių ganiavos nei šienavimo, tenka šią veiklą imituoti per gamtos tvarkymo darbus. Net ir trumpalaikiai darbai duoda teigiama efektą, tad taip elgis geriau, nei nedaryti nieko. Gamtotvarka dažniausiai remiama iš Europos Sąjungos struktūrinių fondų.
Kartu su pelkėmis gelbėjamos įvairios rūšys
Įgyvendinant Valstybinės saugomų teritorijų tarnybos projektą „Saugomų teritorijų tvarkymas, II etapas“, Zarasų rajone pradėti Gražutės regioninio parko pelkių tvarkymo darbai.
Šiuo metų buveinių apsaugai svarbiose teritorijose (Smalvos ir Samlvykščio ežerai ir pelkės) ir paukščių apsaugai svarbiose teritorijose (šiaurės rytinė Gražutės regioninio parko dalis) kertama ir pašalinama sumedėjusi augalija, o ateinančiais metais bus kertamos ir pašalinamos atžalos. Taip pat parengtas Beržinio pelkės hidrologinio režimo atstatymo projektas.
„Smalvos ir Smalvykščio ežerai ir pelkės“- didžiausias pelkinis kompleksas Zarasų rajone, pasižymintis saugomų buveinių ir rūšių įvairovę. Vyrauja šarmingų žemapelkių, tarpinių pelkių ir liūnų, pelkinių miškų buveinės. Aptiktos gausios saugomų pelkinių augalų populiacijos: žvilgančiosios riestūnės, liekninio beržo, pievinio plaurečio, dėmėtosios gegūnės, vienalapio gedučio, dvilapio purvuolio, pelkinio vikšrio, šakotosios ratainytės ir kt.
Šiaurės rytinėje Gražutės regioninio parko dalyje tvarkomos nedidelės, daugiausiai paežerių pelkutės. Jose aptinkamos reikšmingos saugomų dėmėtosios ir siauralapių gegūnių, pelkinės laksvos, šakotosios ratainytės augavietės. Iškirtus sumedėjusią augaliją, pagerės saugomų buveinių ir augalų rūšių populiacijų būklė.
Beržinio pelkė tarpukariu buvo sausinta, dėl ko dabar joje nukritęs vandens lygis ir pelkė smarkiai nusausėjusi, plynės apauga sumedėjusia augalija, o į būdingus pelkinius miškus, kuriuose vyrauja pušis, sparčiai skverbiasi lapuočiai medžiai. Jau parengtas pelkės hidrologinio režimo atstatymo techninis projektas, kuriame numatyta blokuoti sausinimo sistemą ir stabdyti vandens nuotėkį iš pelkės.
Nors Beržinio pelkė sausinta, bet joje vis dar išlikę saugomi buveinių tipai (tarpinės pelkės ir liūnai, pelkiniai miškai, net aktyvios aukštapelkės fragmentai), pelkinių augalų rūšys (liekninis beržas, pelkinė uolaskėlė, pelkinė uolaskėlė, širdinė dviguonė, dėmėtoji gegūnė, nariuotoji ilgalūpė) ir net didžiosioms šalies aukštapelkėms būdingo vabalo palinio žvytražygio populiacija.
Vykdomos gamtotvarkos (sumedėjusios augalijos kirtimas, atžalų kirtimas, nendrių šienavimas) veiklos pagerins saugomų buveinių tipų būklę, pagausins retų pelkinių augalų populiacijas, sudarys sąlygas naujų saugomų rūšių įsikūrimui.
