Siūloma, kad sostinėje veiktų klasikinis Vilniaus universitetas (VU) ir profilinis Vilniaus Gedimino technikos universitetas. Prie VU turėtų būti prijungti Mykolo Romerio, Lietuvos edukologijos universitetai, o Šiaulių universitetas taptų VU padaliniu – Šiaulių akademija.

Kaune siūloma įkurti Kauno universitetą, sujungiant šiame mieste esančius Aleksandro Stulginskio, Kauno technologijos, Lietuvos sporto ir Vytauto Didžiojo universitetus. Vyriausybė mano, kad šiame mieste gali likti ir vienas profilinis universitetas – Lietuvos sveikatos mokslų.

Klaipėdos universitetas raginamas peržiūrėti savo vykdomas mokslo bei studijų kryptis, numatant, kad jame būtų prioritetiškai vystomos su jūrų sektoriumi susijusios studijos.