Muitinė veikia prie Finansų ministerijos, ją sudaro Muitinės departamentas, Kriminalinė tarnyba, Mokymo centras, Muitinės laboratorija, Informacinių sistemų centras ir Vilniaus Kauno ir Klaipėdos teritorinės muitinės.

Šiuo metu šioje sistemoje neužimtos maždaug pustrečio šimto darbo vietų, muitininkas per mėnesį uždirba apie 500 eurų. Dėl to dauguma jų ieško būtų užsidirbti kitur. Vieni nelegaliai, kiti legaliai, teigė žurnalistė Rita Miliūtė.