2007 metais Kultūros paveldo departamentas skyrė lėšų parengti koplyčios konservavimo, restauravimo ir atkūrimo projektui. Kitais metais buvo restauruotos rūsio sienos, atkurtos nišos bei langų angos, rūsio perdangos, atstatyti rąstų sienojai, panaudojant išlikusius autentiškus sienojus, įrengta koplyčios perdanga. Per dvejus metus Kultūros paveldo departamentas skyrė Antanavo koplyčiai beveik 563 tūkst. litų. Vėliau buvo gauta Europos ekonominės erdvės fondo bei Norvegijos finansinio mechanizmo parama.
Toliau tvarkant pastatą restauruotas koplyčios stogas, bokštelis, kryžius, išsaugotos ir restauruotos bei konservuotos autentiškos konstrukcijos, dangos ir puošybos elementai. Pagal išlikusias detales, segmentus bei ikonografiją restauruotas altorius, pagal išlikusią koloną ir ikonografinius duomenis atkurtas balkonas bei lubų plafonas. Autentiški fragmentai palikti neuždažyti. Projekto vadovas architektas Saulius Mikalauskas sakė, kad pavyko panaudoti nemažai išlikusios autentiškos medžiagos. Pagal griuvėsiuose aptiktą koplyčios suolo šoninę dalį buvo pagaminti dabartiniai suolai.
Antanavo koplyčios restauravimas atsiėjo beveik du milijonus litų.
Ši koplyčia – unikalus ir gerokai likimo talžytas medinis kultūros objektas, atspindintis liaudišką sakralinę statybą. Iškilusi XVIII a. pabaigoje, ji du šimtus metų gyvavo daugiau nepaliesta žmogaus rankos, išskyrus kai kuriuos vidaus pertvarkos darbus. Šiandien ji yra vienintelė išlikusi Lietuvoje iš šešiakampės formos koplyčių. Tai buvo didikų Chrapovickių dvaro koplyčia, vėliau kartu su dvaru atitekusi dvarininkams Šabunevičiams. Naujieji savininkai ją XIX a. išpuošė nežinomų italų dailininkų tapyba. Sovietmečiu šis sakralinis statinys priklausė spirito gamyklai, kurią privatizavus koplyčia liko be šeimininko ir akyse nyko, kol netgi įgriuvo stogas.
Sugrąžinus Antanavo koplyčią į gyvenimą, buvo restauruoti paskutiniojo dvaro savininko Šabunevičiaus, jo sūnaus ir marčios karstai iš dar 1944 m. išdraskytos laidojimo kriptos. Sudėjus į juos palaikus, karstai užmūryti koplyčios rūsyje.
