Pasak vieno iš projekto rengėjų, kraštovaizdžio architekto Alvydo Mituzo, Ąžuolyno parke būtina įrengti normalius takus, nes vaikščiodami bet kur, žmonės pridaro daug žalos ąžuolams. Siekiant apsaugoti ąžuolus nuo drėgmės pertekliaus, parke siūloma įrengti gerai funkcionuojančią drenažo sistemą. Dar vienas architektų siūlymas – pėsčiųjų ir dviračių takų atskyrimas.
Parke taip pat norima įrengti biologinės įvairovės pažintinį taką su informacija apie Ąžuolyno gamtines vertybes. Takas prasidėtų nuo informacinio terminalo prie S.Dariaus ir S.Girėno paminklo ir pro gamtinių vertybių kompleksus vestų iki raguvų, atragių priešlaitėmis vingiuojančio tako.
Architektai pabrėžia, jog tvarkant parką nebūtų pašalintas nei vienas ąžuolas.
Savivaldybės duomenimis, visoje Ąžuolyno parko teritorijoje dominuoja lapuočiai – ąžuolai, liepos, klevai, uosiai, drebulės ir kiti medžiai. Didžiausia parko vertybė yra 100-300 metų ąžuolai, kurių kamieno skersmuo siekia 100-160 cm. Tokie medžiai yra labai svarbūs ne tik dėl savo istorinės ir estetinės vertės, bet ir kaip retųjų rūšių buveinės.
Parengtas parko tvarkymo projektas sulaukė kritikos dėl menko viešinimo. Pasak architekto Audrio Karaliaus, esamas planas taip pat atrištų rankas dideliems medžių kirtimams ūksmingame parke, paliekant ten dideles jam nebūdingas atviras pievas.
Manoma, kad Ąžuolyno augimvietei gali būti keli tūkstančiai metų. 2005 metais, vykdant gamtinės įvairovės tyrimus, parko teritorijoje užregistruoti 59 rūšių paukščiai, 29 paukščių rūšys įrašytos į Europoje globaliai nykstančių rūšių sąrašus.
Prestižinėje Kauno vietoje plytintis Ąžuolynas yra saugoma teritorija. Tai vieno rečiausių Lietuvoje ir Europoje niūraspalvio auksavabalio buveinė. Dėl jo ir kitų vertybių, Kauno Ąžuolynas yra Europos ekologinio tinklo „Natura 2000“ buveinių apsaugai svarbi teritorija.