Pašilių pelkės dalis patenka į Krekenavos regioninio parko Ramygalos telmologinį draustinį. Jis įsteigtas siekiant išsaugoti Pašilių pelkinį kompleksą su Nevėžio žemumai būdingomis biocenozėmis, saugomų vabzdžių – auksuotųjų šaškyčių ir augalų – žvilgančiųjų riestūnių populiacijas.
Pašilių pelkėje saugomos buveinių apsaugai svarbios teritorijos: aktyvios aukštapelkės, degradavusios aukštapelkės, šarmingos žemapelkės, tarpinės pelkės ir liūnai, pelkėti lapuočių miškai, pelkiniai miškai.
Pašilių pelkė priklauso vandenskyriniam pelkiniam kompleksui, vadinamam Pašilių durpynu, kuris išvagotas melioracijos grioviais. Teritorija, kurioje buvo natūralios pelkės, pradėta sausinti dar XIX a., ypač intensyvūs darbai vyko paskutiniaisiais XX a. dešimtmečiais.
Alkaežerio kanalas ir Tvenkimo kanalas buvo iškasti pagal melioracijos projektus, atliekant miškų sausinimą, tuo pačiu metu ištiesintas ir Liaušės upelis.
Tai kartu su klimato kaita lėmė labai spartų viso pelkinio komplekso sausėjimą ir jo augalijos sukcesiją. Teritorijoje esančios pelkės ir pelkiniai miškai dėl melioracijos poveikio ir toliau degraduoja. Kiek geriau išlikęs tik nedidelis aukštapelkės masyvas, tarpinių pelkių ir liūnų buveinė bei nedidelė dalis pelkinių miškų. Dėl pažeisto hidrologinio režimo vietovė užauga krūmais, medžiais, nendrėmis.
Pagrindinis šios ekosistemos tvarkymo būdas yra vandens lygio pakėlimas patvenkiant drenuojančius kanalus ir sumedėjusios augalijos pašalinimas. Tvarkymo darbai Pašilių pelkėje vykdomi vadovaujantis techninio projekto sprendiniais Valstybinių miškų urėdijos Panevėžio regioninio padalinio patikėjimo teise administruojamuose valstybinės reikšmės miškuose. Pelkėje 2018 metais buvo įrengti 2 gręžiniai su automatinėmis vandens lygio matavimo ir duomenų kaupimo sistemomis.
Sausinimo kanaluose numatyta įrengti 11 žemės užtvarų, apie 100 metrų tvenkimo kanalo atkarpa užverčiama žemės gruntu. Užtvarų įrengimui naudojamos tik natūralios, gamtai draugiškos medžiagos: atvežtinė mediena, durpinis gruntas, akmenys.
Biologinės įvairovės kirtimai vykdomi EB svarbos buveinėse: 7110 Aktyvios aukštapelkės, 7120 Degradavusios aukštapelkės, 7230 Šarmingos žemapelkės. Sumedėjusios augalijos kirtimai vykdomi 19 ha plote.
Hidrologinio režimo atkūrimo darbai finansuojami vykdomi pagal 2014–2020 metų Europos Sąjungos fondų investicijų veiksmų programą.
Projektas finansuojamas Europos Sąjungos struktūrinių fondų Sanglaudos fondo lėšomis. Hidrologinio režimo atkūrimo darbus vykdo rangovas – Loretos Petkevičienės individuali įmonė. Projekto vykdytojas – Valstybinė saugomų teritorijų tarnyba. Projekto partneris – Aukštaitijos saugomų teritorijų direkcija. Projekto veiklų pabaiga numatyta 2023 m. gruodžio 31 d.
