Žemės ūkio ministerija kasmet atlieka NMA pavestų vykdyti funkcijų atlikimo patikrą, kuri privaloma pagal ES reglamentavimą.
Paskutinės patikros metu, 2022 m. gruodį, agentūroje nustatyta pasikartojančių neatitikimų, kurie pastebėti ir 2021 metais. Paaiškėjo, kad NMA nesilaikoma paraiškų ir mokėjimo prašymų vertinimo terminų, neatsižvelgta į jau pateiktas rekomendacijas ir nurodymus. Paraiškos vertintos nesilaikant galiojančių teisės aktų.
Atliekant patikrą 2021 metais nustatyta, kad vertindama kelių žuvininkystės projektų paraiškas, NMA netinkamai skaičiavo pareiškėjų žvejybos dienas, nesilaikė projektų administravimo taisyklių reikalavimų ir galimai nepagrįstai atmetė paraiškas. Ministerija pernai vasario mėnesį įpareigojo NMA pervertinti kai kurias paraiškas, tačiau į šį pavedimą neatsižvelgta iki šiol.
Patikros metu nustatyta, kad NMA nesilaikė ir nustatytų paramos paraiškos vertinimo terminų. Kai kurių paraiškų vertinimas užtrunka daugiau kaip 8 mėnesius. Pažeidžiami terminai turi įtakos sėkmingam Europos jūrų reikalų ir žuvininkystės fondo įgyvendinimui.
Problemų NMA yra ir su mokėjimo prašymais, kurie vertinami nesilaikant nustatytų terminų. Tokie vėlavimai mažina žvejų pasitikėjimą valstybės institucijomis ir turi įtakos bendradarbiavimui kitose žuvininkystės srityse.
Klausimų ministerijai kilo ir dėl kai kurių finansavimą gavusių, tačiau nevykdomų projektų. ŽŪM mato riziką, kad gali tekti grąžinti nepanaudotas ES lėšas.
