Vaclavas Nijinsky gimė Kijeve 1889 metais, dabartinėje Ukrainoje dviejų, profesionalių šokėjų šeimoje. Abu Vaclavo Nijinskio tėvai, Eleonora ir Tomas, buvo kilę iš Lenkijos. Jo motina Eleonora buvo našlaitė ir būdama jauna pradėjo šokti Didžiajame Varšuvos teatre, kur ji greitai sulaukė pripažinimo. Jau būdama solo šokėja ji išvyko į Kijevą, kur susipažino su Tomu Nijinskiu, kuris taip pat mokėsi ir šoko Didžiajame Varšuvos teatre. Vaclas buvo antras vaikas, vienas iš trijų vaikų, turėjo vyresnį brolį Stanislavą ir jaunesnę seserį Bronislavą, kurie taip pat tapo šokėjais. Vaikystėje jis garsėjo neapgalvotu elgesiu, drąsiomis išdaigomis, nepaklusnumu ir hiperaktyvumu. Nors jis gyveno ir augo Rusijoje, tačiau jis buvo pakrikštytas Varšuvoje ir save laikė lenku, nors prastai kalbėjo lenkiškai. Vaclavas buvo nuo pat mažumės apsuptas baleto: jo šeima dirbo Setovo baleto kompanijoje ir nuolat keliaudavo. Vis dėlto, Tomas ir Eleonora 1894 m. išsiskyrė, nes Tomas pamilo kitą baleto šokėją. Tada Eleonora su trimis vaikais persikėlė į Sankt Peterburgą, kur šeimos padėtis buvo sunki ir nepavydėtina – jiems teko kęsti skurdą.
Jo motina Eleanora dažnai buvo depresyvi, o Vaclavo vyresnysis brolis Stanislavas vaikystėje iškrito pro langą. Dėl to jis tapo agresyvus ir psichiškai nestabilus, galiausiai, 1901 metais, jis buvo uždarytas į psichiatrinę ligoninę.
Būdamas aštuonerių metų, Vaclavas pradėjo mokytis imperatoriškoje baleto mokykloje Sankt Peterburge, kur jo talentas buvo greitai pastebėtas. Kita vertus, jis buvo išskirtinis mokinys – mokydavosi tik tai, kas jam patikdavo. Jei jis domėjosi tema, jis gilinosi į kiekvieną detalę ir pasižymėjo, bet jei tai jam nuobodu – kas nutiko dažniau – greitai mesdavo tą dalyką. Visi jo mokytojai prisipažino, kad jis buvo puikus šokėjas, tačiau dėl prastų pažymių jis buvo vos neišmestas iš mokyklos.
Mokykloje atsirado pavyzdžių bendraklasių, kurie siekė kenkti Vaclavui. Moksleiviai iš jo tyčiojosi, nes jis buvo lenkas. Be to, jį pašaipiai vadino „japoniuku“ dėl veido bruožų, o tuo metu vyko karas tarp Rusijos ir Japonijos. 1901 metais, vieno vaidinimo metu, patyčios peržengė visas ribas. Dėl pavydaus bendraklasio, Vaclavas Nijinskis pargriuvo pamokos metu ir sunkiai susižeidė – jis buvo keturias dienas komoje.
Vaclavas Nijinskis taip pat pagarsėjo kaip neklaužada ir dažnai susidurdavo su mokytojų priekaištais ir nepasitenkinimu. Vieno įvykio metu jis ir kai kurie kiti studentai važiavo karieta į Mariinsky teatrą ir nusprendė šaudyti į žmonių kepures – Vaclavas buvo šio pokšto iniciatorius. Mokykla pasipiktino tokiu jo elgesiu ir jį trumpam nušalino nuo mokyklos. Vėliau Nijinskis tapo santūresnis ir jam buvo gana sunku susirasti draugų.
1905 m. būdamas paaugliu, Nijinskis įkliuvo į liūdnai pagarsėjusią kruvinojo sekmadienio žudynes Sankt Peterburge, kur imperatoriškieji kareiviai apšaudė minią protestuotojų ir nužudė šimtus žmonių. Nijinskis buvo tiesiai minios viduryje, o kareiviai jam trenkė į galvą. Jo draugo seseriai nepasisekė: ji dingo minioje, ir jie daugiau niekada jos nerado.
Verta paminėti, kad rusų baleto pasaulis slėpė gilias, tamsias paslaptis. Tuo metu buvo įprasta, kad šokėjai turėjo intymius santykius su savo patronais ar mecenatais. Ne išimtis ir Nijinskis – jis užmezgė romaną su turtingu gerbėju princu Pavelu Lvovu, o tai greičiausiai buvo jo pirmoji intymių santykių patirtis. Vaclavo motina Eleonora nepalaikė Vaclavo polinkio į homoseksualumą, tačiau šiam romanui pernelyg neprieštaravo.
1908 m. Vaclavas su pagyrimu baigė Imperatoriškąją baleto mokyklą ir po kelių mėnesių jau dirbo Sankt Peterburgo Imperatoriškajame teatre. Kaip tik tuo metu jis susipažino su 18 metų vyresniu Sergejumi Diagilevu ir tapo jo meilužiu. Abu vyrai susipažino per Nijinskio vyresnįjį globėją ir meilužį princą Lvovą. Kaip Nijinskis pats rašė savo dienoraštyje, Lvovas „privertė mane būti neištikimui su Diagilevu, nes manė, kad Diagilevas man bus naudingas“.
Kurį laiką šokęs imperatoriškame balete, 1909 m. Nijinskis prisijungė prie „Ballet Ruse“ – naujos kompanijos, kurią Paryžiuje sukūrė rusų impresarijus Sergejus Diagelevas, kur jis šoko didžiąją likusios karjeros dalį. 1912 m. Nijinskis debiutavo kaip baleto „Ruse“ choreografas, kurdamas „L'Apres-midi d'un Faun“, „Till Eulenspiegel“ ir „Le Sacre du Printemps“ kūrinius. Vis dėlto, Nijinskis buvo prastas mokytojas – šokėjai nemėgo jo padriko mokymo stiliaus. Nijinskio pasirodymai sukėlė muštynes auditorijoje, nes nauji Nijinskio šokio metodai sukėlė didelius ginčus ir nesutarimus. Tiek moterys, tiek vyrai siautėjo tikrąją to žodžio prasme dėl Nijinskio. Jo pasirodymų metu atkakliausi gerbėjai įsiveržė į jo rūbinę ir pavogė jo apatinius drabužius kaip atminimą.
Ant scenos Nijinskis buvo šokio meistras, tačiau vakarėliuose jis buvo visiškai kitoks. Daugelis žmonių manė, kad jis yra nuobodus ir santūrus, o vienas šokėjas pasakojo, kad „vargu ar jis su kuo nors kalbėjo ir atrodė, kad jis yra visiškai kitoje planetoje“. Vakarėliuose jį dažnai galėjai rasti sėdintį kampe ir spoksantį į savo rankas.
Vis dėlto, Nijinskis negalėjo susidoroti su jam tekusiu krūviu kuriant baleto spektaklius, todėl Diagilevas nusprendė jį atleisti. Nijinskio santykiai su Diagilevu, kurie buvo intymūs ir beveik neabejotinai seksualūs, tęsėsi iki 1913 m., kai Nijinskis vedė vengrų šokėją Romolą de Pulszky, su kuria vėliau susilaukė dviejų dukterų. Vis dėlto, santuoka nebuvo sėkminga, o galbūt netgi žalinga Nijinskio psichologinei sveikatai.
1913 m. Nijinskis, keliaudamas po „Ballets Russes“, susitiko su ambicingu vengre Romola de Pulszky. De Pulszky iš atrodė esanti draugiška mergina, tačiau ji slėpė savo tikruosius motyvus. Ji prieš metus matė šokantį Nijinskį šurmuliuojančiame spektaklyje ir dabar buvo pasiryžusi padaryti jį savo vyru. Nijinskis ir Pulszky bendravo prancūzų kalba, tačiau Nijinskis mokėjo šią kalbą ypač prastai. Nijinskis Romolai de Pulszky pasipiršo, bet ji manė, jog tai pokštas ir apsiverkė. Tačiau vėliau Nijinskis ypač prasta prancūzų kalba paaiškino, jog nori ją vesti. Vis dėlto, Nijinkis buvo gana šaltas ir nejautė jokių gilesnių jausmų Romolai de Pulszky – labai tikėtina, kad jis jai pasipiršo norėdamas sukelti Diagilevo nepasitenkinimą.
Romola ir Vaclavas bandė kurti nepriklausomą baleto kompaniją Londone, kadangi Daigilevas atleido Nijinskį. Vis dėlto, jų planas buvo nesėkmingas. Tuo metu Nijinsky jau buvo ankstyvoje šizofrenijos stadijoje, o Romolai trūko komercinių ir meninių pažinčių, todėl projektas galiausiai žlugo.
1916 m., prieš prasidedant antrajam pasauliniam karui, Romola ir Vaclavas persikėlė į Budapeštą. Tačiau jis atsidūrė namų arešte Budapešte, nes buvo Rusijos pilietis. Galiausiai jam buvo leista išvykti po Diagilevo ir tarptautinių lyderių įsikišimo. Nijinskiui buvo leista vykti į Niujorką Amerikos turui.
1917 m. šizofrenija nutraukė sėkmingą Nijinskio karjerą – taip atsitiko todėl, kad pats Nijinskis turėjo rūpintis kelionėmis bei pasirodymais, kas jam sukėlė ypač daug streso. Paskutinis jo viešas pasirodymas buvo Pietų Amerikos turo metu 1917 m. Rugsėjo 30 d., kai jam dvidešimt aštuoni metai – scenoje jis buvo sumišęs ir pasimetęs, nežinojo, ką daryti. Tuo metu kiti baleto kompanijos nariai jau nujautė Nijinskio pasitraukimą bei ligą. Jo prastą savijautą galėjo pabloginti ir vyresniojo brolio Stanislavo mirtis – aiškios mirties priežastys nežinomos, tačiau jis 1901 m.-1917 m. visą laiką praleido psichiatrinėje ligoninėje.
1917 m. karo metu šeima apsigyveno Šveicarijoje, Sankt Morice. Vaclavo Nijinskio psichinė būklė dar labiau pablogėjo ir tuo metu jis pradėjo rašyti dienoraštį, kuriame atsiskleidė sudėtingas ir skausmingas Nijinskio vidinis pasaulis, jo baimė pakliūti į psichiatrinę ligoninę. 1919 m., įkalbėtam žmonos Romolos apsilankyti pas psichiatrą, jam buvo diagnozuota šizofrenija. Taip baigėsi vieno garsiausių baleto šokėjų karjera – likusį gyvenimą Nijinskis praleido psichiatrinėse ligoninėse ir daugiau niekada nebešoko ant scenos.
Ankstyvieji jo psichikos sutrikimo požymiai nebuvo dramatiški: polinkis į depresyvumą, kraštutinis vengimas pavojaus ir nenoras pasitikėti žmonėmis ir artimaisiais. Tačiau laikui bėgant šių savybių dažnumas ir sunkumas augo, kol pradėjo neigiamai paveikti jo asmeninį ir profesinį gyvenimą. Jo psichinė sveikata tapo aktuali jo pasirodymų metu ir per vieną „L'Apres-midi d'Un Faun“ pasirodymą jis atsisakė užimti savo poziciją scenoje, nes jį kankino nerimas ir baimė.
Vėliau Nijinskio būklė blogėjo – jis pradėjo beatodairiškai šokinėti pro langus, smurtavo prieš kitus žmones ir save. Jo kalba tapo nenuosekli arba ji praleisdavo ilgus periodus nepratardamas nei žodžio, jį kamuodavo depresija ir nerimas.
Tuo laiku buvo labai mažai žinoma apie šizofreniją, tad Nijinskiui pritaikyti gydymo metodai nebuvo sėkmingi, o tai kenkė jo sveikatai. Jam buvo pritaikyta hidroterapija, fizinių ligų sukėlimas, pavyzdžiui, karščiavimas, ir apsvaiginimas vaistais – visi šie bandymai buvo nesėkmingi.
1945 m., antrojo pasaulinio karo pabaigoje, Romolai persikėlus su Vaclavu į Vieną, beeidami gatve jie sutiko rusų kareivius, grojančius tradicines liaudies melodijas balalaika ir kitais instrumentais. Įkvėptas muzikos ir girdėjęs rusų kalbą nuo jaunystės, jis pradėjo šokti, stebindamas rusų kareivius savo įgūdžiais. Gėrimas ir juokas su jais padėjo jam vėl pradėti kalbėti. Tai buvo paskutinis jo „pasirodymas“.
1950 m. Balandžio 8 d. Vaclavas Nijinskis mirė nuo inkstų nepakankamumo klinikoje Londone. Jis buvo palaidotas Londone, tačiau 1953 metais jo kūnas perlaidotas Paryžiuje, Prancūzijoje.
