Рейнальдо Пароджиног, мэр города Озамис на острове Минданао, был убит вместе с женой и 10 другими людьми. Полиция предъявила ему ордер на арест, но он оказал сопротивление.
По словам официальных лиц, охранники мэра открыли огонь по полицейским, пришедшим с обыском к нему в дом.
Более семи тысяч человек убиты с тех пор, как Дутерте объявил войну наркоторговле в июле 2016 года.
"Пароджиног, если помните, присутствует в списке президента Дутерте среди людей, участвующих в незаконной наркоторговле", - сказал представитель президента.
Сторона Пароджинога, однако, отрицает, что в полицейских кто-либо стрелял.
В перестрелке также был убит брат мэра. Дочь, занимавшая пост вице-мэра города, взята под стражу. Ей предъявлено обвинение в правонарушении, связанном с наркотиками, сообщила полиция.
Из дома градоначальника полицейские изъяли винтовки, деньги и наркотики, сообщил глава местной полиции.
Пароджиног - уже третий филиппинский мэр, убитый в ходе жесткого преследования властями наркоторговцев.
Эта борьба сделала президента популярным среди филиппинцев, однако вызвала осуждение среди правозащитных организаций.
Дутерте приступил к своим обязанностям больше года назад. В его предвыборной кампании звучал лозунг с обещанием истребить десятки тысяч человек, чтобы остановить наркоторговлю на Филиппинах.
Ранее в этом месяце законодатели большинством голосов проголосовали за продление режима военного положения на Минданао для борьбы с вооруженным исламистским подпольем.
Дутерте говорил, что продление военного положения необходимо для подавления исламистского сопротивления, однако его оппоненты считают, что таким оборазом он пытается закрепить собственную власть.
