Он заявил, что его работа оценивает исторические события с точки зрения соответствия национальным интересам России.
«Им не нравятся выводы. Главная претензия заключается в том, что автор, то бишь я, ставлю во главу оценки того или иного исторического события либо деятеля [либо] соответствие его деятельности, в конечном счете, национальным интересам России в этот период», — заявил Мединский.
Он также задался вопросом: если оценка с точки зрения национальных интересов России неправильна, то «с какой точки зрения интересов какой другой страны мы должны оценивать события, происходящие в России»?
В сентябре интернет-сообщество «Диссернет» обратилось в Минобрнауки с просьбой лишить Мединского степени доктора исторических наук. По мнению сообщества, работа министра «Проблемы объективности в освещении российской истории второй половины XV — XVII веков» не имеет научной ценности. Открытое письмо с аналогичным требованием подписали 24 академика Российской академии наук.
Сам Мединский назвал заявление «Диссернета» «доносом».
Заседание в Уральском федеральном университете, на котором должен был обсуждаться вопрос о лишении Мединского степени, было запланировано на 4 октября. По просьбе министра его перенесли. Вскоре после этого Высшая аттестационная комиссия (ВАК) отозвала из диссертационного совета на базе университета рассмотрение дела. Глава ВАК Владимир Филиппов пообещал, что будет сформирована новая комиссия, которая займется этим вопросом, но ее состав до сих пор не определен.