Вильнюсский окружной суд 22 сентября отклонил иск flyLAL в отношении аэропортов Литвы, но по просьбе предприятия обновил срок давности. flyLAL оспаривает и просит признать ничтожным пятилетний договор с Вильнюсским аэропортом на 2004-2007 гг.
По утверждению администратора банкротства flyLAL, Вильнюсский аэропорт в 2004-2008 гг. применял необоснованно короткие нормативы износа, благодаря чему искусственно уменьшал свою прибыль. Таким образом аэропорт необоснованно собрал сборов на сумму 24,06 млн. евро.
fly LAL в Литве судится и с латвийским авиапредприятием Air Baltic, и с Рижским аэропортом, на активы которых в сумме 57,87 млн. евро наложен арест. Споры сторон о возмещении ущерба в судах Литвы ещё не завершены. fly LAL уверяет, что Рижский аэропорт в 2004-2008 гг. применял к предприятию Air Baltic дискриминационные скидки, а потому латвийские предприятия должны компенсировать причинённый литовскому авиапредприятию ущерб на 57,87 млн. евро.
flyLAL в начале 2009 г. прекратила свою деятельность и объявила себя банкротом.