Одна из последних должностей, которую занимал Мухамеджанов, - аким (глава) Мангистауской области этой страны. Руководителем этого региона Казахстана он проработал с декабря 2011 года по январь 2013 года.
В разные годы Мухамеджанов был депутатом верхней палаты парламента Казахстана, работал министром внутренних дел, заместителем руководителя администрации президента, вице-премьером и министром юстиции.
Как отмечал глава правительства Казахстана, комментируя освобождение Бауржана Мухамеджанова с поста акима Мангистауской области, под руководством Мухамеджанова в области были "реализованы поручения президента по социально-экономическому развитию, диверсификации экономики, реализации программы развития моногородов, созданию новых рабочих мест".