Документ определяет порядок перевозки судами обеих сторон пассажиров и грузов, включая транзитные перевозки, а также правила содержания и использования водных путей. Суда обеих стран будут пользоваться внутренними водными путями без взимания платы. Органам пограничного и таможенного контроля разрешается на своих внутренних водных путях следить за выполнением законодательства судами другой стороны и проводить расследования выявленных нарушений. В случае нарушений экипаж несет ответственность по законам той стороны, на территории которой оно было совершено.
Глава кабинета уточнил, что рассматриваемое соглашение позволит российским судам свободно ходить по внутренним водам Литвы, а литовские суда получат право перемещаться по водным путям Калининградской области.