О том, что здешние места вполне пригодны и должны быть приспособлены для портовых нужд, на государственном уровне впервые заговорили аж в 1589 году в стенах Варшавского Сейма. Но лишь спустя столетие исторические летописи отметили, что одними из первых, помимо местных рыбаков, в Швянтойи начали швартоваться английские купеческие суда, доставлявшие к балтийским берегам соль, табак, вино и железо.
И именно купцам в 1685 году власти дали разрешение на свободную торговлю, а также право на строительство порта и города, вскоре получившего Магдебургские права и собственный герб.
Судя по всему, дела шли отлично, так как порт Швянтойи до конца XVII века на равных конкурировал с крупнейшими балтийскими портами того времени. Правда, в 1701 г. в ходе Северной войны вход в порт Швянтойи перекрыли камнями шведские военные суда, и он снова надолго исчез с морских карт.
Реально его восстановление началось лишь в 1923-1925 гг. Тогда построили 380-метровый южный и 228-метровый северный молы, а также широкие входные ворота. Через год здесь появилась набережная и, как свидетельствуют документы, местные рыбаки добывали у берегов Швянтойи до 300 тонн рыбы.
Третий этап строительства порта уже и для военных нужд начался в 1939 году. После Второй мировой войны в Швянтойи базировался дивизион советских военных торпедных катеров, был установлен маяк.
О том, чтобы вдохнуть в старинный порт новую жизнь в независимой Литве заговорили почти двадцать лет назад, но к реальным делам приступили лишь совсем недавно – в декабре 2010 года, когда Сейм поручил Клайпедскому морскому порту восстановить порт Швянтойи для рыболовецких и туристических целей.
Работы были поделены на два этапа, досрочное завершение первого из которых и было широко отпраздновано 11 июня. После расчистки дна глубина у побережья достигает теперь 2-3 метров, появились 72 места для швартовки яхт и прогулочных судов длиной до 12 метров. У заходящих в обновлённый порт экипажей есть возможность подключиться к электросетям, водопроводу, воспользоваться санитарными узлами и душевыми кабинами, безопасно для окружающей среды избавиться от мусора, получить необходимую информацию и т.п.
Как с гордостью объявил в ходе церемонии открытия нового порта Швянтойи директор Клайпедского государственного морского порта Еугениюс Гентвилас, все намеченные работы первого этапа были завершены намного раньше срока и с изрядной экономией средств, т.к. выделенные на эти цели 4 млн. литов решили не тратить на создание самостоятельной администрации порта Швянтойи, назначив лишь его директора – молодую и симпатичную даму Айриду Чеснене. В целом же проблемы нового государственного порта будут решаться в недрах клайпедской морской администрации.
Давно будоражавшую сердца мореплавателей и рыбаков идею создания второго литовского порта удалось воплотить благодаря директиве Европейского Союза. В будущем порт Швянтойи будет расширяться. К 2015 году здесь должны появиться 100-метровые молы, защищающие бухту от песчаных заносов; глубина порта увеличится до 6 м, появятся места для швартовки почти 500 небольших судов. Для проведения этих работ планируется привлечъ около 500 млн. евро из фондов ЕС.