KT pripažino, jog Konstitucijai prieštarauja Švietimo įstatymo nuostatos, kad valstybinėse ir savivaldybių mokyklose sutarties pagrindu kartu su valstybės pripažinta tradicine religine bendrija gali būti steigiamos ar kitaip sudaromos klasės arba grupės dėstyti ne tik tikybą, bet ir kitus mokomuosius dalykus.
Konstitucijai prieštarauja įstatymo norma, kad Vyriausybė ar jos įgaliota institucija turi su tradicinėmis religinėmis bendrijomis derinti tvarką, kurios laikantis steigiamos, reorganizuojamos ir likviduojamos valstybės ar savivaldybių ir tradicinės religinės bendruomenės mokyklos.
Konstitucijos neatitinka ir tai, kad valstybė ar savivaldybė gali skirti ir atleisti mokyklos vadovą tradicinės religinės bendruomenės teikimu, o reikalavimus personalui nustato religinė bendruomenė, taip pat gali organizuoti mokyklos vadovo ar pedagogų atestaciją.
KT nutarime pažymėta, kad šios nuostatos prieštarauja konstituciniam bažnyčios ir valstybės atskirumo principui.
