Aktorius jau buvo kartą vedęs. Nuo 2004 iki 2010-ųjų jo žmona buvo aktorė ir viena serialo „30 Rock“ scenarisčių Kay Cannon.
Po skyrybų J. Sudeikis susitikinėjo su aktore January Jones, tačiau 2011-ųjų sausį jie išsiskyrė.
Lietuvišką pavardę J. Sudeikis paveldėjo iš tėvo Danielio Josepho Sudeikio, turinčio perpus airiško ir lietuviško kraujo.