Anksčiau vietas antrajame varžybų etape užsitikrino Šiaulių „Medelyno Bėgių“, „Saulininko ir Kupsc“, Šiaulių rajono „Savanorio“ (visos III lyga, Šiaulių apskritis), Vilniaus „Gariūnų“ (II lyga, Pietų zona), Kazlų Rūdos „Šilo“ (I lyga), Neringos „Kuršių“ (III lyga, Klaipėdos apskritis), Vilniaus „Ryto“ (IV lyga) bei Klaipėdos „Granito“ (I lyga) komandos.
Iš viso pirmajame turnyro etape dalyvaus 32 komandos iš IV, III, II ir I lygų. I lygai pirmajame etape atstovaus keturios ekipos.
Prieš naujo sezono startą įvyko du pasikeitimai varžybų nuostatuose. Pradiniuose taurės etapuose - iki aštuntfinalio - į vieną porą patekus komandoms iš skirtingų lygų, namuose rungtyniaus žemesnėje lygoje žaidžianti komanda. Kitas pakeitimas - ketvirtfinalyje ir pusfinalyje bus žaidžiamos ne vienerios, o dvejos rungtynės.
Kitos 2013-2014 metų LFF taurės turnyro I etapo poros (miestas, komandos pavadinimas, lyga):
Vilniaus MRU (II, Pietų) - Joniškio „Žygis“ (II lyga, Vakarų);
Rokiškio „Rokiškis“ (III, Utenos) - Marijampolės „Švyturys“ (III, Marijampolės);
Klaipėdos „Jambo“ (III lyga, Klaipėdos) - F.B.K. „Kaunas“ (II, Pietų);
Vilniaus „Katastrofa“ (IV) - Kauno „United“ (III, Kauno);
Kretingos KKT (III, Klaipėdos) - Vilniaus TAIP (III, Vilniaus);
Vilniaus „Trivartis“ (IV) - Kauno „Spyris“ (I lyga);
Pirmo etapo rungtynės turi būti sužaistos iki birželio 30 dienos. Tolesniuose etapuose į taurės turnyrą įsijungs 16 ekipų iš LFF I lygos ir A lygos.