Anksčiau vietas ketvirtame turnyro etape užsitikrino Vilniaus „Ave.Ko“ (SFL) ekipa, Kauno „Spyris“ (II, Pietų zona), Palangos „Palanga“ (I), Vilniaus „Granitas“ (I), Vilniaus „Polonija“ (I), Kauno „United“ (III lyga, Kauno apskrities futbolo federacija) bei Vilniaus „Prelegentai“ (III lyga, Vilniaus regiono futbolo sąjunga).
2012-2013 metų LFF taurės sezoną iš viso pradėjo 63 komandos. Dvi A lygos komandos žaisti pradės nuo ketvirto etapo, o visi stipriausi Lietuvos klubai - nuo penkto.