Be šių komandų, II lygai taip pat atstovaus Alytaus "Vidzgiris", Kauno "Visas Labas", Kėdainių "Lifosa", Kuršėnų "Venta", Kaišiadorių "Baltai" (Pietų zona) ir Klaipėdos "Akademija", Kretingos "Minija" bei Plikių "Sakuona" (Vakarų zona).

Iš III lygos (apskričių čempionatų) taurėje žais Vilniaus "Gariūnai", "Tera-Troleibusas" ir Rūdiškių "Orša" (Vilniaus apskritis), taip pat Šiaulių "Aitvaras", "Saulininkas", KUPSC, Kupiškio "Narjanta", Joniškio "Žygis" ir Kairių "Knituva" (Šiaulių apskritis) bei Marijampolės "Švyturys" (Marijampolės apskritis).

Penkiolika ekipų užsiregistravo iš Sekmadienio futbolo lygos (IV lyga). Taurės varžybose dalyvaus sostinės komandos "Prelegentai", "Rytas", TEC, "Stickers", "Trivartis", "Ozas", "Troja", "Fazė", "LiCS", "Creditinfo Lietuva", "Rezervai", "Fortūna", "Kiemas" bei Klaipėdos klubai "Jambo" ir "Futera".

Šios 35-ios komandos dalyvaus pirmajame turnyro etape. Į antrą etapą pateks 17-os porų nugalėtojai ir viena komanda burtų keliu. Nuo trečiojo etapo į kovą įsijungs septyni I lygos klubai - VMFD "Žalgiris", Šilutės "Šilutė", Alytaus "Alytis", Jonavos "Lietava", Kėdainių "Nevėžis", Klaipėdos "Glestum" ir Mažeikių "Mažeikiai".

Penktajame etape jau žais ir keturios silpniausios pagal rangą A lygos komandos - Tauragės "Tauras", Gargždų "Banga", Kauno "LKKA ir Teledema" ir Pakruojo "Kruoja". Šeštajame, arba ketvirtfinalio etape turnyre dalyvavimą pradės Panevėžio "Ekranas", Vilniaus "Vėtra", Marijampolės "Sūduva" ir "Šiauliai".

Visuose etapuose, išskyrus pusfinalį, nugalėtojas paaiškės po vienerių rungtynių. Dvikovoms pasibaigus lygiosiomis komandos žais pratęsimą, o jei prireiks - ir muš baudinius.

Pirmosios LFF taurės naujo sezono kovos turėtų startuoti gegužę. Liepos-rugpjūčio ir rugsėjo-lapkričio mėnesiais numatomos penkto ir šešto etapo rungtynės. 2009/2010 metų LFF taurės pusfinaliai ir finalas vyks kitų metų pavasarį.