Anksčiau buvo manoma, kad pirmieji užsikrėtimo koronavirusu atvejai pasirodė 2019 m. lapkritį Uhane, dar prieš tai, kai 2019 m. pabaigoje – 2020 m. pradžioje apie naująjį infekcinį susirgimą sužinojo visuomenė.
Tačiau dabar mokslininkų komanda, kuriai vadovauja gerbiamas ispanų virusologas Albertas Boschas iš Barselonos universiteto, tvirtina, kad Sars-CoV-2 pėdsakų aptikta Barselonoje nuotekų vandenyje dar praėjusių metų kovą.
Visgi kai kurie mokslininkai, pavyzdžiui, genetikas Fernando Gonzalezas, tyrimą sukritikavo. „Yra miestų, kuriuose užsienio turistų būna daugiau nei Barselonoje, tačiau jie retrospektyviniais nuotekų tyrimais viruso neaptiko. Aš būčiau linkęs atidėti šio tyrimo rezultatus ir atlikti nepriklausomą tyrimą“, – leidiniui „El Pais“ sakė mokslininkas.
Naujas atradimas
Naujasis koronavirusas SARS-CoV-2 Europoje gali gyventi ilgiau, nei buvo anksčiau manyta. Naujausi tyrimai parodė, kad jis jau buvo Italijoje dar 2019 m. gruodį. Tačiau Barselonos universiteto mokslininkai padarė dar labiau stebinantį atradimą: jie aptiko viruso pėdsakų tirdami neapdorotų nuotekų pavyzdžius, datuojamus 2019 m. kovo 12 d, rašo „The Conversation“.
Tyrimas neseniai buvo paviešintas dar oficialiai nepaskelbtų sveikatos mokslų straipsnių svetainėje „MedRxiv“. Straipsnis šiuo metu yra rengiamas paskelbimui moksliniame žurnale – jį recenzuoja išorės ekspertai. Kol šis recenzavimo ir vertinimo procesas nebus užbaigtas, straipsnio išvadas reikia vertinti atsargiai.
Tad kaip buvo atliktas eksperimentas ir ką konkrečiai atrado mokslininkai?
Viena ankstyvųjų išvadų apie SARS-CoV-2 yra ta, kad virusas aptinkamas užsikrėtusių asmenų išmatose. Virusui keliaujant per žarnyną, kur jis gali sukelti virškinamojo trakto simptomų, jis netenka išorinio baltyminio sluoksnio, tačiau dalelė genetinės medžiagos, vadinamos ribonukleino rūgštimi (RNR), išgyvena kelionę ir lieka nepažeista. Ji yra pašalinama su išmatomis. Tuo metu ji jau nebėra užkrečiama – bent taip byloja dabar turimi įrodymai.
Tačiau faktas, kad šių koronaviruso RNR dalelių galima rasti neapdorotose nuotekose, naudingas stebint ir sekant protrūkius. Pagal jas iš tiesų galima, likus nuo savaitės iki dešimties dienų iki to laiko, kai pasirodo oficialūs duomenys, prognozuoti, kur veikiausiai ištiks protrūkis.
Taip yra todėl, kad žmonės išskiria koronavirusą dar iki tol, kol simptomai tampa pastebimi. Šie žmonės, kuriems dar nepasireiškė simptomai, vėliau turėtų pakankamai rimtai susirgti, kad jiems būtų atliktas tyrimas, reikėtų sulaukti jo rezultatų ir veikiausiai atsigulti į ligoninę – tada, prabėgus maždaug savaitei nuo dalelių pasišalinimo su išmatomis, tai jau bus oficialiai pripažinta koronaviruso atveju.
Todėl dabar daugelis šalių, įskaitant Ispaniją, tiria nuotekas ir ieško koronaviruso pėdsakų. Minėtojo nuotekų tyrimo atveju epidemiologai nagrinėjo sušaldytų nuotekų mėginius. Buvo analizuojamos nuotekos, surinktos nuo 2018 m. sausio iki 2019 m. gruodžio – siekta išsiaiškinti, kada virusas pirmą kartą pasirodė mieste.
Mokslininkai nustatė, kad viruso pėdsakų buvo 2020 m. sausio 15 d. – likus 41 dienai iki 2020 m. vasario 25 d., datos, kai oficialiai buvo užfiksuotas pirmasis koronaviruso atvejis. Visi kiti iki šios dienos nagrinėti mėginiai buvo neigiami, išskyrus 2019 m. kovo 12 d. mėginį – koronaviruso testo rezultatas buvo teigiamas. Buvo atliktas standartinis tyrimas, nustatantis, ar tuo metu sergama koronavirusu.
Šiam tyrimui atlikti pasitelkiami seilių, gleivių, sušaldytų nuotekų ar kitų dalykų, kuriuose, kaip manoma, gali tykoti virusas, mėginiai. Iš mėginio pašalinamos visos nereikalingos medžiagos, tada RNR – viena genetinės medžiagos gija – paverčiama DNR, žymiąja dviguba spirale.
DNR tuomet paeiliui sekančiais ciklais „sustiprinama“, kol svarbiausių genetinės medžiagos dalelių, kurios, kaip žinoma, egzistuoja tik tam tikrame viruse, yra pakankamai, kad jas būtų galima užfiksuoti fluorescenciniu zondu.
Tikslumo stoka
Tirdami koronavirusą, mokslininkai paprastai ieško daugiau nei vieno geno. Šiuo atveju tyrimo autoriai analizavo tris genus. Teigiamas 2019 m. kovo mėginio rezultatas aptiktas viename iš trijų tirtų genų – RdRp gene. Mokslininkai ieškojo dviejų šio geno regionų. Abu juos aptikti pavyko tik 39 ciklo stiprinimo metu. Didinant stiprinimo ciklų kiekį, koronaviruso testų tikslumas silpnėja. Mokslininkai paprastai naudoja nuo 40 iki 45 stiprinimo ciklų.
Yra keletas gauto teigiamo rezultato paaiškinimų. Pirmas – nuotekų vandenyje tikrai buvo labai nedidelis kiekis SARS-CoV-2 viruso dalelių. Antras – vykdant bandymą mėginys laboratorijoje netyčia buvo užterštas SARS-CoV-2 dalelėmis. Taip kartais nutinka laboratorijose, kuriose nuolatos dirbama su šiuo virusu: būna labai sudėtinga apsaugoti, kad itin mažos viruso dalelės nepakliūtų ten, kur nereikia, ir neužterštų kitų mėginių.
Egzistuoja dar vienas paaiškinimas: mėginyje yra kitų RNR ar DNR dalelių, kurios tiek panašios į RdRp, kad 39 stiprinimo ciklo metu pavyko gauti teigiamą rezultatą.
Siekiant patvirtinti, kad mokslininkų tirtame nuotekų vandenyje iš tiesų buvo SARS-CoV-2 dalelių, reikia atlikti papildomų tyrimų, be to, tokias svarbias išvadas turėtų pakartoti nepriklausoma laboratorija, skelbia „The Conversation“.
Vertinti derėtų atsargiai
Įdomus su tyrimo išvadomis susijęs dalykas yra tas, kad jos nesutampa su epidemiologiniais duomenimis apie virusą. Tyrimo autoriai nepateikia jokių duomenų apie tai, kad praėjusiais metais po mėginių paėmimo datos Barselonoje ir jos apylinkėse būtų išaugęs kvėpavimo takų ligomis sergančių pacientų skaičius.
Be to, yra žinoma, kad SARS-CoV-2 virusas, bent jau dabartinė jo forma, yra labai užkrečiamas. Tad jeigu rezultatas išties yra teigiamas, galima spręsti, kad virusas tarp gyventojų buvo pakankamai išplitęs, jei jo dalelių pavyko aptikti 800 ml nuotekų vandens mėginyje, tačiau ne tiek, jog dar devynis mėnesius po atsiradimo keltų problemų netgi netaikant jokių viruso plitimo suvaldymo priemonių.
Tad nesulaukus papildomų tyrimų rezultatų šio tyrimo išvadas vertinti derėtų labai atsargiai, pabrėžia „The Conversation“.
Nyderlandų atvejis
Pirmasis pranešimas, jog SARS-CoV-2 aptikta nuotekose, dar kovo pabaigoje atskriejo iš Nyderlandų.
Kovo 5 d. Amersforto (Amersfoort) nuotekų valymo įrenginyje mokslininkai aptiko genetinę koronaviruso medžiagą, nors tuo metu mieste, esančiame maždaug už 50 km į pietryčius nuo Amsterdamo, nebuvo pranešta nė vieno ligos atvejo.
Nyderlandai savo pirmąjį COVID-19 atvejį patvirtino vasario 27 d. ir išsiaiškino, kad po kelių dienų liga užsikrėtė sveikatos priežiūros specialistai pietinėje šalies dalyje, – ženklas, kad ji ėmė plisti bendruomenėje.
„Svarbu surinkti informaciją apie šio naujo viruso atsiradimą nuotekose, kad suprastume, ar nėra pavojaus nuotekų darbuotojams, ir išsiaiškintume, ar nuotekų stebėjimas galėtų pasitarnauti sekant SARS-CoV-2 cirkuliaciją mūsų bendruomenėse, – publikacijoje teigia KWR vandens tyrimų instituto Niuvegeine (Nieuwegein) vyriausiasis mikrobiologas Gertjanas Medema su kitais autoriais. – Tai galėtų papildyti dabartinę klinikinę priežiūrą, kuri taikoma tik COVID-19 pacientams su pačiais sunkiausiais simptomais.“
Nuotekų stebėjimas – gerai žinomas metodas, padedantis sekti poliomielito virusus ir antibiotikams atsparias bakterijas, taip pat – neteisėtų ir receptinių vaistų vartojimą.
Nuotekų stebėjimas galėtų pasitarnauti kaip išankstinis perspėjimas apie COVID-19 atsiradimą miestuose, teigia olandų mokslininkai.
„Tai, kad virusas aptiktas kanalizacijoje, net kai COVID-19 paplitimas yra nedidelis, rodo, jog nuotekų stebėjimas gali būti jautri priemonė sekti viruso cirkuliaciją populiacijoje“, – pažymi jie.
Italijos tyrimas: koronavirusas šalyje buvo jau gruodį
Naujasis koronavirusas dviejuose dideliuose miestuose Italijos šiaurėje buvo jau gruodį, dviem mėnesiais anksčiau, nei šalyje nustatytas pirmasis koronavirusinės infekcijos COVID-19 atvejis, parodė nacionalinio sveikatos instituto ISS atliktas nuotekų tyrimas. Apie tai tyrėjai pranešė birželio viduryje.
Tyrėjai COVID-19 sukeliančio viruso SARS-CoV-2 genetinių pėdsakų aptiko nuotekų mėginiuose, jie praėjusių metų pabaigoje buvo paimti Milane ir Turine, taip pat – sausio mėnesį Bolonijoje, sakoma ISS pareiškime, kurį penktadienį matė naujienų agentūra AFP.
Pirmasis žinomas COVID-19 vidaus atvejis Italijoje buvo užregistruotas vasario viduryje.
Gauti rezultatai „padės geriau suprasti viruso cirkuliacijos Italijoje pradžią“, skelbia ISS.
Taip pat priduriama, kad jie „pagrindžia susistemintus tarptautinius duomenis“ bei ėminių, atliekant tyrimą, svarbą.
Italija buvo pirmoji Europos valstybė, kuriai taip skaudžiai smogė koronavirusas, ir pirmoji pasaulyje, įvedusi karantiną valstybės mastu.
Pirmas žinomas atvejis (neskaitant poros turistų iš Kinijos) – pacientas iš Lombardijos regiono, Kodonjo miesto. Vasario 21 dieną šalies valdžia minėtąjį miestą paskelbė raudonąja zona ir nurodė jį uždaryti.
Netrukus tokiu pačiu pavyzdžiu teko pasekti dar devyniems Lombardijos ir Veneto regionų miestams. Kovo pradžioje karantinas išplito po visą šalį.
Italijoje koronavirusas pražudė daugiau nei 34 tūkst. 500 žmonių.
ISS vandens kokybės ekspertė Giuseppina La Rosa kartu su savo komanda nuo 2019 metų spalio iki 2020 metų vasario ištyrė 40 nuotekų vandens ėminių. Rezultatai, patvirtinti dvejose skirtingose laboratorijose dviem skirtingais būdais, atskleidė, jog SARS-Cov-2 aptikta mėginiuose, paimtuose Milane ir Turine 2019 metų gruodžio 18 dieną, o Bolonijoje – 2020 metų sausio 29 dieną.
2019 metų spalio ir lapkričio mėginių atsakymai buvo neigiami, o tai reiškia, kad tuomet virusas Italijos dar nebuvo pasiekęs, paaiškina G. La Rosa.
Atsižvelgiant į tai, jog labai daug koronavirusu sergančiųjų patyrė lengvų simptomų arba nejuto jokių, vandens tyrimai gali būti veiksminga priemonė virusui aptikti dar prieš kliniškai patvirtinant pirmus atvejus teritorijose, kur dar neprasidėjo protrūkis.
ISS teigimu, jie jau paragino šalies sveikatos apsaugos ministeriją imtis koordinuoti reguliarų vandens mėginių tyrimą nutekamuosiuose vamzdžiuose prieš nuotekoms pasiekiant valymo įrenginius, nes „tai patikima priemonė kuo greičiau aptikti ir stebėti viruso cirkuliaciją skirtingose teritorijose“.
Liepą ketinama pradėti bandomąjį tokių tyrimų projektą turistų pamėgtuose kurortuose, tikimasi, kad iki rudens pavyks šalyje įdiegti visos šalies nuotekų vandens stebėsenos sistemą.
Kinija apie protrūkį PSO informavo gruodžio 31-ąją. Sausio 3 dieną šalis susisiekė su JAV Ligų kontrolės ir prevencijos centrais (CDC), o sausio 8-ąją viešai paskelbė, kad patogenas yra naujas koronavirusas.
Kovo mėnesį laikraštis „South China Morning Post“, kur cituojami Kinijos vyriausybės pateikti duomenys, pranešė, kad pirmas užsikrėtimo naujuoju koronavirusu atvejis Kinijoje buvo išaiškintas dar praėjusių metų lapkritį.
Remiantis pateiktais duomenimis, pirmas užsikrėtimo atvejis buvo nustatytas lapkričio 17 dieną 55 metų Hubėjaus provincijos gyventojui.
Nuo tos dienos medikai kasdien nustatydavo nuo vieno iki penkių naujų tokių atvejų.
Gruodžio 15 dieną užsikrėtusiųjų jau buvo 27, o gruodžio 20-ąją – 60. Pasak medikų bendruomenės atstovų, Kinijos medikai tik gruodžio pabaigoje suprato, kad susidūrė su nauja infekcine liga.
2019 metų gruodžio 27 dieną vienas Hubėjaus provincijos gydytojas pranešė Kinijos valdžios pareigūnams, kad susirgimų priežastis – naujo tipo koronavirusas. Tada jau buvo užregistruota 180 virusu užsikrėtusių žmonių, tačiau gydytojai nežinojo apie visus susirgimo atvejus.
2019 metų gruodžio 31 dieną užsikrėtusiųjų koronavirusu buvo jau 266, o 2020 metų sausio 1-ąją – 381.