Nėra tiksliai žinoma, kada šis paveikslas buvo pradėtas tapyti, bet tikriausiai apie 1495 metus. Darbas užtruko gana ilgai – legenda byloja, kad da Vinčis ieškojo tinkamo veido Judui. Kai vienuolyno vyresnysis pasiskundė dėl vėluojančių darbų, da Vinčis pagrasino Judui suteikti būtent jo veidą.
Bet šiandien tik labai maža paveikslo dalis gali būti laikoma originalia – siena, ant kurios ji nutapyta, buvo padengta netinkamu tinku, kuris traukė drėgmę. Paveikslas ėmė pastebimai irti dar tais pačiais metais, kai buvo užbaigtas, o jau 1556 metais „Paskutinė vakarienė“ buvo apibūdinta kaip neatpažįstamų spalvotų dėmių mišinys. Praėjo dar keleri metai ir piešinys buvo pripažintas prarastu.
1652 metais toje sienoje buvo išpjautos durys. Paveikslas jau buvo neatpažįstamas, todėl niekam nerūpėjo tai, kad buvo nupjautos Jėzaus kojos.
Anksčiau buvo teigiama, kad Jėzaus kojos „Paskutinėje vakarienėje“ buvo genialiausia detalė, nes jos jau simbolizavo artėjantį nukryžiavimą. Šio fakto jau niekaip nepatikrinsime.
1726 metais Michelangelo Bellotti pabandė restauruoti paveikslą – užpildė trūkstamas piešinio dalis ir viską nulakavo. Tai neišsprendė drėgmės problemos, todėl „Paskutinė vakarienė“ iro toliau. 1768 metais visa siena buvo uždengta audeklu, taip bandant apsaugoti paveikslą, bet tai tik sutrukdė sienai džiūti ir dažai dar labiau luposi. 1770 metais vėl bandyta piešinį restauruoti – Giuseppe Mazza perpiešė 9 apaštalų veidus.
Tada čia įsikūrė prancūzų kariai, kurie išbraižė apaštalų akis. Tada čia buvo kalėjimas. Galiausiai, Stefano Barezzi pabandė pašalinti freską, kad ją būtų galima perkelti kitur. Stipriai apgadinęs centrinę paveikslo dalį Barezzi suprato, kad „Paskutinė vakarienė“ nėra freska – tai yra piešinys ant sienos. Taigi, nulupta dalis buvo priklijuota klijais.
Dar keli restauracijos bandymai, Antrojo pasaulinio karo bombardavimo padariniai, šelako apsauga, patamsinusi siužetą, ir 1972 metais „Paskutinė vakarienė“ atrodė taip.
1978–1999 metais įvykdyta didžiausia paveikslo restauracija. Pašalinti ankstesnių restauracijų padariniai, atkurtos dingusios paveikslo vietos. Jos, beje, atliktos šiek tiek blankesnėmis spalvomis, kad egzistuotų vizualinis skirtumas tarp originalaus ir naujo. Tuo pačiu užmūryti kambario langai, siekiant sukurti lengviau kontroliuojamą klimatą.
Tačiau žmonėms restauruotas paveikslas nepatiko. Na, ne visiems – tie, kurie nesidomi menu ir nėra matę XVI amžiaus kopijų ar netgi tų aštuntojo dešimtmečio likučių, „Paskutinę vakarienę“ vertina neblogai. Menotyrininkams nepatinka pasikeitusios spalvos, veidų formos ir pranykusios detalės. Ypač klostės ant Jėzaus rankų – jos atrodo visiškai kitaip. Ir kiek čia liko da Vinčio? Mažai, bet tai – ne restauratorių kaltė.
