Mokslinių tyrimų duomenimis, Kauno mariose sugaunamos 32 rūšių žuvys. Lyginant su kitų ežerų žuvų įvairove (juose sugaunamos 23 – 27 rūšių žuvys), tokia įvairovė traukia meškeriotojo akį.

Kauno marios – tikras karpininkų rojus. Čia aptinkama net 18 karpinių šeimai priklausančių žuvų rūšių. 3 – ešerinių, po 2 vijūninių ir dyglinių, po 1 – nėginių, sykinių, ungurinių, lydekinių, šaminių ir menkinių.
Dažniausi Kauno marių laimikiai – lydekos, kuojos, salačiai, aukšlės, plakiai, karšiai, sidabriniai karosai, ešeriai, sterkai. Rečiausiai į meškeriotojų rankas papuola unguriai, šapalai, ūsoriai, žiobriai, šamai.

Tarp Kauno mariose gyvenančių žuvų yra ir nykstančių (vijūnas), ir globojamų rūšių, tokių kaip salatis, ūsorius, žiobris, šamas. Ankstesniais metais Kauno mariose buvo sugaunama ir skersnukių, tačiau paskutiniu metu šių retų žuvų mokslininkai mariose nebeaptinka.