У супругов есть общий сын Саша, которому в начале года исполнилось пять лет. Также у Яны есть сыновья Андрей и Николай от предыдущего брака с Виктором Батуриным, старшего из мальчиков Рудковская усыновила (его биологической матерью является Юлия Салтовец, бывшая второй женой Батурина).
В интервью продюсер рассказала, что в разном возрасте ощущала материнство по разному. "Я родила Николая, когда мне было 27 лет, и только через 11 лет на свет появился Саша. И это совершенно разные вещи, - говорит Яна. - В 27 лет ты вообще не соображаешь, что это за ребенок. А в 38 лет… Он заплакал — ты бежишь, как сумасшедшая. Просыпается — ты уже рядом. Помню, лежишь в кровати и прислушиваешься, бьется или нет его сердце, дышит он или не дышит. У меня одна подруга родила в 45 лет, и она говорит, что это вообще другие ощущения. Ты носишься как мать-наседка. И я бы тоже хотела это испытать".
По словам Рудковской, она надеется, что в их семье появится девочка. И муж ее в этом поддерживает. "Да, очень бы хотели. И мы с Женей сейчас над этим работаем", - говорит она.