Aplinkos ministro įsakymu pakeistas Paviršinių vandens telkinių tvarkymo reikalavimų aprašas numato, kad vandens telkiniams tvarkymo projektas turi būti rengiamas, kai vandens telkinio, esančio saugomoje teritorijoje, tvarkymo ar valymo darbai atliekami didesniame kaip 0,04 ha plote arba kai nesaugomoje teritorijoje esančiame vandens telkinyje planuojama išpjauti daugiau kaip 0,1 ha vandens augalijos. Atstatant dirbtinai ištiesintą upės atkarpą, vandens telkinio tvarkymo projektą rengti privaloma nepaisant to, ar tvarkomas vandens telkinys patenka į saugomą teritoriją, ar ne.
Gavusi asmens, ketinančio tvarkyti vandens telkinį saugomoje teritorijoje, pranešimą, sprendimą priims saugomos teritorijos direkcija. Jei planuojamas tvarkyti vandens telkinys ar jo dalis yra kultūros paveldo objekto ar vietovės teritorijoje, jų apsaugos zonos apsaugos nuo fizinio poveikio pozonyje, šie dokumentai bus derinami su Kultūros paveldo departamento prie Kultūros ministerijos teritoriniais skyriais. Kai tvarkomas vandens telkinys ar jo dalis patenka į šiaurės Lietuvos karstinio regiono teritoriją, dokumentus derins Lietuvos geologijos tarnyba prie Aplinkos ministerijos.
