79 metų P.Bernotavičius dabar gyvena Lokporte, Ilinojaus Valstijoje. Teisingumo departamento kaltinime teigiama, kad P.Bernotavičius tiesiogiai dalyvavo suvarant pasmerktus belaisvius iš kalėjimo į egzekucijos vietas. Teisingumo departamento žiniomis, 1941-ųjų vasarą buvo nužudyta daugiau nei 1000 Kupiškyje gyvenusių žydų vyrų, moterų ir vaikų.
Lietuvos generalinė prokuratūra P.Bernotavičiaus veiklai ištirti 1999 metų liepą iškėlė baudžiamąją bylą dėl genocido ir karo nusikaltimų. Tačiau pernai balandį prokuratūra parengtinį tardymą šioje byloje sustabdė, nes iš užsienio šalių, į kurias kreipėsi su teisinės pagalbos prašymais, bei Izraelyje įsikūrusios holokausto tyrimo organizacijos "Yad Vashem" negavo medžiagos, kuri turėtų esminės reikšmės bylai.
Kaip BNS sakė Generalinės prokuratūros Specialiųjų tyrimų skyriaus vyriausiasis prokuroras Rimvydas Valentukevičius, teisinės pagalbos prašymai apklausti galimus P.Bernotavičiaus nusikalstamos veiklos liudytojus bei surasti dokumentus buvo išsiųsti į Vokietiją, Kanadą, Prancūziją, Australiją, Rusiją ir Ukrainą.
Gautuose atsakymuose P.Bernotavičiaus kaltės įrodymų nebuvo. Lietuva taip pat prašė JAV Teisingumo departamento Specialiųjų tyrimų skyrių apklausti įtariamuoju patį R.Bernotavičių pagal Generalinės prokuratūros pateiktus klausimus, bet gavo neigiamą atsakymą, motyvuojant, kad jo byla netrukus bus perduota JAV teismui.
Amerikiečiai perdavė Lietuvai 1999 metais vykusio JAV pareigūnų pokalbio su P.Bernotavičiumi stenogramą, kurioje užfiksuota, kur jis neigia savo darbą nacių karinėje komendantūroje Kupiškyje.
Lietuvos generalinės prokuratūros iškeltoje byloje iš viso buvo apklausti 193 liudytojai. Dauguma apklaustųjų negalėjo nieko papasakoti apie konkrečius P.Bernotavičiaus nusikalstamus veiksmus, nors dalis iš jų žinojo, kad jis dirbo nacių komendanto padėjėju. P.Bernotavičiaus kaltės įrodymų nesėkmingai ieškota Lietuvos ir užsienio šalių archyvuose.
Lietuvos generalinės prokuratūros specialiųjų tyrimų skyriaus prokurorai per trejus pastaruosius metus suteikė visapusišką pagalbą JAV Teisingumo departamento Specialiųjų tyrimų skyriaus pareigūnams, renkant įrodomąją medžiagą apie P.Bernotavičių Lietuvoje, bei dalijosi su jais informacija iš Lietuvoje tirtos bylos.
Prokuroras R.Valentukevičius interviu BNS vylėsi, kad tiesa apie R.Bernotavičiaus veiklą per karą bus nustatyta.