Здесь следует всегда делать поправку на привычки и традиции жителей ВКЛ: в ссорах между шляхтичами религиозная сторона дела очерчивалась, как правило, только вместе с необходимостью поиска знатных заступников, да и за спорами горожан чаще всего просматриваются вечные меркантильные интересы. Процент действительно «идейных» участников конфликтов весьма невелик.
Вопросы веры для представителей правящего сословия всегда сопутствовали тем или иным политическим и экономическим интересам. Увлечение протестантизмом в шляхетской среде в определенный момент носило едва ли не характер моды. А традиция щедро одаривать костелы, церкви и монастыри, перенесенная и на реформатов, вскоре привела к тому, что религиозные протестантские общины приобрели огромный вес и имущество в городах.
Виленчане-кальвинисты пользовались неимоверным покровительством семейства Радзивиллов. Правда, представители общины и сами проявляли недюжинные коммерческие способности. В результате такой потрясающей комбинации преимуществ в их руках оказалась достаточно внушительная часть города. Кальвинистский собор стал центром небольшого «города в городе».
Помимо своей школы, госпиталя и типографии, кальвинисты получали доходы с подаренных имений и владели многими «торговыми точками» в городе. В конце 16 века они чувствовали себя вполне безопасно и порой в претензиях на имущество шли обычным в то время путем махинаций и подлога. Но так поступали все - от обычных шляхтичей до целых корпораций.
Часто старшины собора оказывались вовлечены в неприятные и скандальные судебные процессы. В 1588 скончавшийся Мартин Ганцевич завещал все свое имущество реформатам,однако завещание в положенный срок не было предоставлено, и уже в следующем году приставы пытались описать один из домов с последующей передачей его в пользу Великого князя. Сделать этого им не дали старшины собора. Через некоторое время в суд обратилась вдова умершего с претензиями на недвижимое имущество. Старшины и в это раз отказались возвратить спорный дом. Наконец, после нескольких лет тяжб, вдова пошла на мировую, согласившись отказаться от собственности, но выторговав себе пособие. Еще через несколько лет ей снова пришлось обратиться в суд, так как пособие перестали выплачивать. Столкновения с конкурентами (различных конфессий, и направлений в том же протестантизме, на тот момент на территории ВКЛ насчитывали до семидесяти), не приносили серьезного ущерба, чего нельзя сказать о главных соперниках – иезуитах.
В последнюю четверть 16 века стычки со студентами иезуитами, участились. В основном противостояние ограничивалось мелкими диверсиями, но вскоре масштаб стал увеличиваться: так в 1581 студенты иезуиты устроили нападение на сам собор, испортили инвентарь, и нанесли ущерб типографии. В отместку кальвинисты организовали нападение на дом золотых дел мастера, у которого в доме хранились деньги иезуитов. Неожиданный пожар в соборе привел к новому витку конфликта.
В 1594 году у собора появились соседи, впоследствии сыгравшие в истории кальвинистской общины роковую роль. Канцлер Лев Сапега подарил монахиням-бернардинкам обширные владения рядом с кальвинистским собором. Вскоре на этом месте появился костел св. Михаила. Постепенно стали появляться и трения между соседями. Территории владений, примыкающих к кальвинистскому собору, стали пересматриваться. В 1618 году появились вопросы о законности некоторых владений. Переход некоторых членов общины в католицизм и связанную с этим утрату объектов потенциальной собственности и доходов старшины собора попытались компенсировать за счет территорий, принадлежавших Пречистенской церкви. В 1633 благосклонная привилегия короля и великого князя окончательно притупила бдительность старшин собора. Неприятности начались в одночасье и по, казалось бы, незначительному поводу. Началось все с броска камнем.
В сентябре 1639 со стороны кальвинистского собора в костел святого Михаила неизвестный бросил камень, попав в крест. Такое преступление было легко зафиксировать, но трудно доказать. Однако трудно, это не значит, невозможно. О «неэтичном» поведении кальвинистов стало известно в городе. А 1 октября произошел скандал, который привел к полноценному вооруженному столкновению в городе.
Юзеф Раковский и Павел Пекарский, находясь в нетрезвом состоянии, решили пострелять из луков в ворон. Место ими было выбрано самое неподходящее потому, что точностью господа не отличались, и стрелы начали сыпаться прямо на территорию костела св. Михаила. Монашка Тереса Кунцевич едва не была ранена одной из стрел на огороде, другая стрела влетела в окно, третья попала в скульптуру св. Рафаила.
Бернардинки ударили в набат. Собравшаяся толпа напала на кальвинистский собор, любезно указанный как место, откуда велась стрельба. Посланный военный отряд разогнал толпу, были раненные. В соседнем доме Даниеля Наборовского схватили и неудачливых стрелков. Их отправили в тюрьму, но на этом неприятности собора не закончились. Студент иезуит Заранек 18 октября снова собрал толпу и направил ее на разорение собора. Во время повторного штурма были жертвы: до полусмерти избит некий француз, опасно ранен шляхтич Бутвилл, а какой-то нищий поплатился жизнью. Студента на всякий случай отчислили и арестовали.
Разбирательство по этому делу шло несколько месяцев. Несмотря на вмешательство высокопоставленных заступников и очевидность непричастности старшин кальвинистского собора, решение оказалось весьма суровым. И решение это вынес король Владислав Ваза.
Вопрос о виновности отдельных людей не стоял вообще, рассуждения о преступном умысле также не принимались во внимание. Сомнению подверглась целесообразность существования самого кальвинистского собора в городе. Потому во избежание продолжения беспорядков было решено перенести собор за черту города. Поскольку кальвинисты уже имели свое кладбище за городскими воротами, то было предложено и собор перенести туда же. Так, кальвинистский собор покинул пределы города и обосновался на некоторое время в новом месте.
