Pagal Švietimo ir mokslo ministerijos parengtą bei šiuo metu derinamą Vyriausybės nutarimo projektą, Vilniaus universiteto Onkologijos instituto pavadinimas būtų pakeistas į Nacionalinį vėžio institutą ir patvirtinti naujos įstaigos nuostatai, pagal kuriuos Nacionalinio vėžio instituto steigėja taptų Vyriausybė.
Taip pat ketinama panaikinti centro-dešinės Vyriausybės 2010 metais priimtą nutarimą dėl Onkologijos instituto reorganizavimo. Pagal jį Onkologijos institutas turėjo būti padalytas į Onkologijos ligoninę ir Lietuvos onkologijos institutą. Tačiau prasidėjus teismų procesams šis nutarimas liko neįgyvendintas.
Anot naujo Vyriausybės nutarimo projekto, Nacionalinis vėžio institutas būtų valstybinis mokslinių tyrimų institutas, savo sudėtyje turintis kliniką.
Anot projekto rengėjų, minėtoje įstaigoje klinikiniai tyrimai būtų integruoti ir tampriai susieti su gydymu, kuriami ir taikomi nauji gydymo metodai.
"Tarptautinė kovos su vėžinėmis ligomis patirtis rodo, kad pagrindine priemone, užtikrinančia tokios kovos sėkmę, yra Vėžio centrai (institutai), užtikrinantys, kad visi moksliniai tyrimai – nuo fundamentinių iki klinikinių tyrimų – būtų integruoti ir tampriai susieti su gydymu. Tai leidžia kurti naujus gydymo metodus, diegiamus klinikoje, taip užtikrinant aukščiausio lygio sveikatos apsaugą, paremtą naujausiais mokslo pasiekimais", - teigiama projekto aiškinamajame rašte.
Praėjusios kadencijos Vyriausybės ir Seimo nuomonės dėl Onkologijos instituto buvo išsiskyrusios. Vyriausybės sprendimu dabartinis Vilniaus universiteto Onkologijos institutas turėjo būti padalytas į Onkologijos ligoninę ir Lietuvos onkologijos institutą. Ligoninės steigėjo teises ketinta perduoti Sveikatos apsaugos ministerijai, o Lietuvos onkologijos instituto steigėjo teisės - Švietimo ir mokslo ministerijai.
Tuo metu Seimas 2009 metų gruodį buvo priėmęs nutarimą dėl Nacionalinio vėžio instituto įkūrimo, o 2011 metų balandį parlamentarai po pateikimo pritarė Nacionalinio vėžio instituto įstatymo projektui.
2011 metų liepą Vyriausybė, teikdama išvadą dėl šio projekto, pareiškė jam nepritarianti. Konservatoriaus Andriaus Kubiliaus vadovaujamas Ministrų kabinetas tuomet pareiškė, kad Privalomojo sveikatos draudimo fondo lėšos gali būti skiriamos tik asmens sveikatos priežiūros paslaugų išlaidoms kompensuoti, bet ne valstybinio mokslinių tyrimų instituto reikmėms, nesusijusioms su sveikatos priežiūros paslaugų teikimu.
Be to, Vyriausybė pareiškė, kad Nacionalinis vėžio institutas vykdytų tik dalį visų Lietuvoje vykdomų onkologijos šakos tyrimų. Kiti atliekami Lietuvos sveikatos mokslų universitete bei Vilniaus universitete.