Евразийская экономическая комиссия создается с целью обеспечения функционирования и развития Таможенного союза и Единого экономического пространства.
Данная комиссия станет преемницей Комиссии Таможенного союза. Она будет осуществлять свою деятельность на основе принципов обеспечения взаимной выгоды, равноправия и учета национальных интересов сторон, экономической обоснованности принимаемых решений, открытости, гласности и объективности.
В связи с расширением и усложнением функций комиссии договором предусматривается создание двухуровневого органа в составе Совета комиссии и Коллегии комиссии, функции и полномочия которых разграничиваются.
В целом создаются необходимые условия для обеспечения учета интересов Беларуси в процессе принятия решений, поскольку предусмотрена возможность вынесения чувствительных вопросов на более высокий уровень, вплоть до Высшего Евразийского экономического совета на уровне глав государств, где решения принимаются консенсусом.