Первый зампред Центрального духовного управления мусульман, муфтий Москвы и Центрального региона России Альбир Крганов отметил, что здание Соборной мечети снесено до основания. Он выразил недоумение тем, что мечеть снесли именно 11 сентября. "Спустя ровно десять лет после теракта в США в Москве тоже произошла своя трагедия", — цитирует Альбира Крганова "Интерфакс".
Реконструкция мечети началась в мае 2005 года. По оценке Москомнаследия, как недавно рассказал Равиль Гайнутдин, глава совета муфтиев России — организации, проводящей реконструкцию мечети, Соборная мечеть столицы не представляет исторической ценности. И после многих раздумий и согласований со специалистами принято решение старое здание в рамках строительства комплекса перестроить.
В 2009 году на Историко-культурном экспертном совете (ИКЭС) при Москомнаследии некоторые его участники выступили за снос здания старой мечети, в том числе в связи с ее отклонением на 8 градусов от направления на Каабу. Как утверждает Равиль Гайнутдин, еще при строительстве этой мечети в начале прошлого века было допущено серьезное отклонение от направления на Мекку — именно туда направлены молитвы приверженцев ислама.
Централизованные исламские религиозные организации России, такие как Центральное духовное управление мусульман, Российская ассоциация исламского согласия и ряд других подвергли резкой критике планы снести историческую мечеть.
Перед московской Олимпиадой 1980 года над соборной мечетью уже нависала угроза сноса. Но тогда храм спасли столичные религиозные деятели и послы арабских стран.
Во время Великой Отечественной войны из Соборной мечети на проспекте Мира на передовую отправлялись мусульмане. Здесь были собраны средства для танковой колонны. В разное время сюда приезжали президент Индонезии Ахмед Сукарно (1955), президент Египта Гамаль Абдель Насер (1957), лидер ливийской революции Муамар Каддафи (1969).