Po kelių galingų išsiveržimų salos vidurys buvo suniokotas, jūra užplūdo į susiformavusią daubą, o salos gyventojai prie kraterio kraštų įkūrė kelis nedidelius miestelius: Fira (administracinis centras), Ia ir Akrotiri. 1956 metais stiprus žemės drebėjimas vėl beveik sunaikino visas salos gyvenvietes, bet žmonės šios salos nepaliko.
Dabartiniu vardu Santorinio sala pradėta vadinti 1204 metais, Šventosios Irenos (Santa Irini), kurią vietos gyventojai mano esant jų globėja, garbei. Santorinis yra senovinio ugnikalnio liekanos salos centre. Maždaug prieš 3500 metų įvyko galingas sprogimas, o po jo – ugnikalnio išsiveržimas, kuris po vandeniu paskandino didelę salos dalį.
Galbūt po šio įvykio baigėsi senovės Mino civilizacijos egzistavimas ir senovę menančioje saloje išliko tik pusmėnulio formos 300 metrų aukščio uolos.
