"Lietuvos geležinkeliams" trūksta lėšų investicijoms, milijoniniai nuostoliai patiriami dėl keleivių vežimo - nerentabilių maršrutų bei todėl, kad valstybė perka keleivių vežimo geležinkeliais paslaugą nepadengdama visos jos vertės.
Viena didžiausių problema lieka ir bendradarbiavimas su "Mažeikių nafta". Vasario viduryje teigta, kad bendrovė dėl jai primestos nuostolingos sutarties su naftos koncernu jau yra patyrusi apie 12 mln. litų nuostolių. Tada bendrovė pagrasino, kad jei problema nebus išspręsta, sutartis su "Mažeikių nafta" bus nutraukta.
Užpernai net 52,6 mln. litų nuostolių patyrę "Lietuvos geležinkeliai" praėjusiais metais, neaudituotais duomenimis, uždirbo 1,6 mln. litų grynojo pelno. Nepaisant gerėjusių bendrovės finansinių rezultatų pernai gruodį ketvirtą kartą per metus buvo pakeistas geležinkelių įmonės vadovas. Tuomet buvo reiškiama viltis, kad bendrovė ims dirbti pelningai sugebėdama, pavyzdžiui, didinti pervežamų krovinių srautus, o ne nepagrįsto taupymo dėka.