Она построила Благовещенскую церковь в Вильнюсе (не сохранилась) и монастырь, получила разрешение на ремонт и расширение Троицкой церкви и монастыря в Вильнюсе, основала Жежмаряй.
При супруге Александра Елене начал целенаправленно формироваться литовский дворец великих княжон в Вильнюсе. Маршал, канцлер, писцы и другие чиновники (всего до 100 человек) обеспечивали деятельность дворца великой княгини и его церемоний. В резиденции правителей Литвы в Вильнюсе был даже отдельный корпус, называемый женской частью. В отдельном зале великая княгиня принимала зарубежных посланников, в своей канцелярии вела политическую и хозяйственную документацию. Этому способствовало и то, что Александр обеспечил супругу недвижимостью. Он записал ей более чем 20 владений, за которыми присматривала канцелярия великой княгини.
Таким образом, появилась возможность участия некоторых женщин в общественной деятельности средневекового литовского общества. В придворном окружении Елены впервые появилась возможность политического патронажа со стороны женщин. Елена заботилась о служилых людях её дворца: предоставляла земли, назначала на должности, стремилась, чтобы её служители переходили бы в великокняжеский дворец и там делали политическую карьеру.
Кроме того, за ней следует признать титул первой женщины «писательницы» в старой Литве. Её письма (возможно, ею продиктованные или лишь подписанные) к отцу, матери, братьям и католическим епископам в 1497–1503 гг. послужили началом эпистолярной письменности женщин Великого княжества Литовского.
Брак Елены Ивановны и Александра был бездетным. После смерти Александра в 1506 г., её брат, великий князь московский Василий III, попытался с помощью Елены занять литовский престол. Он рассчитывал таким образом без войны объединить русские и руськие (территории, где проживали православные Великого княжества Литовского) земли. Однако королём Польши и Литвы стал Сигизмунд I, что отрицательно отразилось на судьбе вдовствующей королевы.
Примерно в 1511 г. Елена решила вернуться в Москву. В Вильнюсе она чувствовала себя одиноко, тогда как в Москве проживала её родня. Значение имела и потеря престижа после смерти мужа (рождённые за границей вдовы монархов по разным причинам почти всегда покидали страну). Кроме того, в своих письмах к брату она писала о том, что её владения опустошаются и отнимаются литовскими «панами».
Для отъезда Елене было необходимо получить согласие Сигизмунда, что было невозможно из-за плохих отношений с Москвой, а также из-за сложностей, связанных с вывозом имущества. Вскоре король Сигизмунд распорядился арестовать её. Королевские воеводы доставили Елену в Бирштонас. Казна в её городах и волостях была конфискована. Всё это стало одним из поводов для начала очередной русско-литовской войны 1512–1522 гг.
В 1513 г. Елена в возрасте 37 лет скончалась и была похоронена в Вильнюсе в Пречистенском соборе.
