Для борьбы с реформацией были приглашены лучшие для своего времени «специалисты» в подобных вопросах - иезуиты. Они быстро разобрались в ситуации: катастрофически не хватало идеологически образованных людей. Собственно, для решения этой проблемы и стали основываться курируемые иезуитами учебные заведения.
Виленская иезуитская коллегия (позже академия) уже при своем основании столкнулась с враждебным отношением немалой части населения. Причем, противодействие оказывали не только представители высшей знати некатолического вероисповедания (чего стоит одна странная попытка саботировать решение короля Стефана Батория нехитрым способом - припрятать печать), но и простые горожане. И главной причиной этого стали сами студенты.
Виленская иезуитская коллегия не была закрытой с сословной точки зрения системой, однако абсолютное большинство учеников имело шляхетское происхождение. Поэтому неудивительно, что в первую очередь на характер поведения подопечных иезуитов влияли два фактора - осознание своих «шляхетских вольностей» и молодость.
Город сразу ощутил на себе все прелести появления учебного заведения. Поначалу молодежь просто активно веселилась. Несмотря на строгую дисциплину и регламентированность почти всех сторон жизни в коллегии, студенческие шалости стали частью быта. Шумные вечеринки и связанные с этим конфликты стали постепенно раздражать горожан. Достаточно скоро суды были завалены жалобами на не уплативших за вино и пиво учеников, а также на различные незначительные телесные повреждения нанесенные в пылу конфликтов.
Но уже скоро ситуация начала меняться в худшую сторону. В течении нескольких лет между учениками коллегии и горожанами шла форменная война. С обеих сторон появились и жертвы конфликтов. Несколько купеческих домов были атакованы студентами. Имущество было разграблено, а несколько человек получили серьезные увечья. В ответ воспитанников иезуитов стали просто подстерегать на улицах и жестоко избивать. Постепенно простые палки и камни начинает заменять вполне серьезное оружие.
В конце 16 начале 17 веков происходила активная борьба за влияние между представителями различных конфессий. Не могли остаться в стороне и воспитанники Виленской иезуитской коллегии. К конфликтам на бытовой почве стала примешиваться и религиозная составляющая.
Сложилась стандартная ситуация: с одной стороны, руководство коллегии постоянно доказывало невиновность своих учеников, с другой, все же не смело отрицать их участия в различных столкновениях. Постепенно складывалось мнение, что сами иезуиты направляют религиозное рвение в деструктивное русло. По крайней мере произошло несколько нападений организованных студентами на православные церкви.
В одном из случаев имел место настоящий штурм, в котором ученики вооружились всевозможным холодным оружием, и даже раздобыли несколько пистолетов. Особенно скверными у воспитанников иезуитов отношения были с протестантами.
Здесь следует заметить, что в некоторой мере студенты, создавая невыносимые условия для хозяев, поспособствовали переходу нескольких зданий в собственность коллегии, (этакое рейдерство 16 века).
В начале февраля 1635 года произошло убийство одного из студентов, Павла Вишневского, человека по всем показаниям смирного и тихого. Дело казалось достаточно простым. Молодой человек ехал с праздника. Неожиданно из дома, где также происходило веселье, выскочило сразу несколько человек. Юношу убили и ограбили.
Казалось бы, рядовое уголовное преступление, но у убийц оказались высокие покровители, в том числе и сами князья Радзивиллы. В конце февраля преступники еще были на свободе. В результате в городе начались беспорядки, в которых самое деятельное участие приняли и воспитанники академии. Неудивительно, что немедленно беспорядки обрели ярко выраженный религиозный характер (Радзивиллы покровительствовали всем некатоликам).
Напряжение в городе было настолько велико, что в начале марта снова начались столкновения на религиозной почве. Однако в этот раз объектом нападений стали виленские евреи. Была разграблены синагога, несколько богатых домов, склады с товарами. Количество пострадавших было впечатляющим.
Городские власти по большому счету не смогли (или просто не захотели) вовремя принять мер по предотвращению насилия. Любопытно, что в числе ответчиков по делу о нанесении ущерба еврейской общине выступает не только магистрат и горожане, но и совершенно отдельно сама иезуитская академия. Ее ученики, по мнению истцов, не только активно участвовали в погроме, но и подстрекали жителей. На такие обвинения последовал резкий протест руководства академии. Утверждалось, что во время погрома, в котором приняло участие несколько сотен горожан, ученики мирно сидели на занятиях, а для сомневающихся руководство предложило провести подобие очной ставки. С таким «заманчивым» предложением, впрочем, никто не согласился.
Несмотря на весь накопленный негатив, в течение некоторого времени для пропаганды католичества было накоплено достаточно кадров. Помножив это на протекционистскую политику в отношении католической церкви правительства Сигизмунда Вазы, идеи реформации стали блекнуть.
Окрыленные первыми успехами иезуиты стали открывать школы и коллегии повсеместно. В большей мере для противостояния православию была создана коллегия во Львове (1608). Постепенно студенты стали появляться и в других городах. Нельзя сказать, что опыт иезуитов не перенимался их оппонентами. Воспитанники Могилянской академии в Киеве ничем не отличались по духу от своих виленских собратьев. Точно такие же проблемы были и у киевлян. Большинство гетманов проходило курс обучения именно в Киеве.
Впоследствии католические школы под патронатом и других организаций открывались на всей территории Речи Посполитой. В 1617 году был создан монашеский орден на основе принявших Брестскую церковную унию монастырей - базилиане. Они так же переняли опыт иезуитов в деле просвещения, чем немало поспособствовали переходу православных в униатство.
Наиболее печальной оказалась судьба воспитанников базилиан в городе Умань на Украине. Во время восстания 1768 года, более известного как Колиивщина, все ученики приняли участие в обороне города от отрядов повстанцев, все оказались жертвами предательства и разделили участь польского и еврейского населения и беженцев - были жестоко убиты.
