В процессе осуществления проекта "Защита малого подорлика в литовских лесах" данные о каждом обнаруженном гнезде этих птиц передаются в систему охраняемых видов Министерства охраны окружающей среды.
Если гнездо находится на охраняемой территории, об этом сообщают ее дирекции. Если в этом есть необходимость, то работник проекта вместе с лесниками едет в лес.
Правила вырубки леса запрещают вырубку на территории ближе чем 100 м от гнезда малого подорлика. В установленной зоне вырубка леса запрещается в период гнездования птиц - с 1 апреля по 1 сентября.