Абалкин входил в число разработчиков программ по переходу от плановой советской экономики к регулируемому рынку.
В 1989 году Абалкин стал заместителем председателя Совета Министров СССР в правительстве Николая Рыжкова, главой правительственной комиссии по экономической реформе. Этот пост он занимал до конца 1990 года.
Предложения Абалкина по экономическим преобразованиям встретили сопротивление в государственном и партийном аппарате, где в них увидели угрозу командным методам управления экономикой, но к тому же его инициативы подвергались острой критике со стороны более радикальных сторонников перехода к рыночной экономике.
После крушения Советского Союза верх взяли оппоненты Абалкина, сформировавшие Кабинет правительства под руководством Гайдара и находившиеся на позициях более резкого перехода к рыночным отношениям.
С 1991 по 2005 год Абалкин был директором Института экономики Российской академии наук, а в последнее время – научным руководителем Института экономики РАН и заведовал кафедрой социально-экономических проблем МГУ.