Согласно российскому законодательству, гражданам страны отныне запрещено отправлять "Медузе" пожертвования, распространять созданные ею материалы и "сотрудничать" с изданием. Что именно понимается под "сотрудничеством", в законе не уточняется — речь может идти как о трудоустройстве в "нежелательной" организации, так и, например, предоставление экспертного комментария или предоставление фотографии для публикации "Медузы". Подобные действия считаются преступлениями и влекут за собой ответственность вплоть до лишения свободы.
Также по законам РФ "Медуза" должна будет прекратить любую деятельность на территории России (ее возобновление грозит уголовной ответственностью), счета и имущество издания в стране будут заблокированы (есть ли они у "Медузы" — не известно), а за руководство "нежелательной" организацией грозит до шести лет лишения свободы. Доступ к СМИ, которые в будущем будут цитировать или просто давать ссылку на сайт или соцсети "Медузы", может быть ограничен на территории РФ.
В августе 2022 года объявить издание "нежелательной" организацией призвал основатель ЧВК "Вагнер" Евгений Пригожин, соответствующее заявление он направил в Генпрокуратуру РФ. По его мнению, такое решение позволит привлечь "за осуществление провокационной деятельности на территории России" журналистов "Медузы". В своем заявлении Пригожин отдельно упоминал специального корреспондента Лилию Яппарову, опубликовавшую несколько материалов о ЧВК "Вагнер".
Ранее статус "нежелательной" организации получали созданные российскими журналистами медиа, специализирующиеся на расследовательской деятельности: The Insider, "Проект" и "Важные истории". Также Генпрокуратура РФ признавала "нежелательными" зарубежные учебные заведения, благотворительные фонды, просветительские проекты и религиозные объединения. Среди самых известных из них — Национальный фонд в поддержку демократии и Бард колледж (США), Королевский институт международных отношений и Оксфордский российский фонд (Великобритания), а также несколько организаций, связанных с Джорджем Соросом.
В апреле 2021 года "Медуза" (ее основали в 2014 году в Риге российские журналисты и медиаменеджеры Галина Тимченко, Иван Колпаков и Илья Красильщик) стала первым крупным российским СМИ, которое министерство юстиции РФ объявило "иностранным агентом". Впоследствии стало известно, что это произошло на основании обращения бывшего члена Общественной наблюдательной комиссии Москвы Александра Ионова. К январю 2023 года в реестр "иноагентов" включили практически все российские независимые медиа, а также десятки журналистов, блогеров, артистов, общественных деятелей и политиков.
