По словам генерала, войска "прошли долгий путь к созданию условий для победы" в борьбе с боевиками.
Аллен сказал, что войскам НАТО следует проявить терпение и по-прежнему быть готовыми прийти на помощь афганским военным.
До сих пор неизвестно, сколько американских военнослужащих останется в Афганистане после 2014 года, когда ударные подразделения НАТО покинут страну.
Как сообщил генерал, "нулевой вариант", то есть сценарий полного вывода войск, американская администрация даже не рассматривает.
Белый дом ранее заявил, что Аллен после ухода с поста командующего Международными силами содействия безопасности в Афганистане возглавит силы НАТО в Европе.
В январе Пентагон снял подозрения в неподобающем поведении с генерала после проверки его переписки с замужней женщиной из штата Флорида.
Аллена подозревали в отправке "неподобающих" писем Джилл Келли, вовлеченной в скандал вокруг бывшего главы ЦРУ Дэвида Петреуса, который ушел в отставку из-за внебрачной связи.
Долгий путь
"Борьба с мятежниками отнимает время, поэтому нельзя просто поставить отметку на календаре и сказать: "Сегодня мы выиграли", - сказал Аллен в интервью Би-би-си.
"Я думаю, что мы прошли долгий путь, создавая условия, которые являются определяющими для победы в борьбе с повстанцами - условия для деятельности органов власти, условия для экономики", - добавил генерал.
На посту командующего Джон Аллен курировал процесс передачи основных функций по защите государства национальной армии и спецслужбам Афганистана.
Его преемник на посту, генерал морской пехоты Джозеф Данфорд будет контролировать вывод большей части иностранных войск с территории Афганистана.
До сих пор не известно, сколько американских военнослужащих останутся в стране после вывода международного контингента.
Сценарий полного вывода войск, по словам Аллена, Белый дом не рассматривает.
"Это не то направление, которому мы намерены следовать. Президент четко говорил о присутствии американских войск в Афганистане после 2014 года, о том, что они будут ориентированы на обучение, консультирование и оказание помощи афганским силам безопасности. Для меня это было сигналом того, что "нулевой вариант" не обсуждается", - сказал командующий в интервью Би-би-си.