Один человек был убит в Кабуле, еще один - в Джелалабаде на востоке Афганистана, двое - в провинции Парван.
Во вторник представители американских властей извинились за то, что копии Корана были "неумышленно" уничтожены на авиабазе Баграм.
Сообщается, что американские военные полагали, что талибы использовали Коран для того, чтобы обмениваться сообщениями.
Обуглившиеся обрывки страниц из Корана были найдены местными рабочими.
"Извинения бесполезны"
Протестующие в Кабуле скандировали "Смерть Америке!" и забрасывали камнями базу "Феникс" - главную американскую базу в городе.
Полицейский спецназ использовал водометы для разгона протестующих, часть из которых блокировала дорогу, ведущую к Джелалабаду, одну из важнейших транспортных артерий страны.
Очевидцы сообщают, что охранники базы стреляли в воздух. Согласно некоторым сообщениям, разгневанные участники протестов скандировали лозунги в поддержку талибов.
Один из протестующих в столице был убит, 10 ранены.
Еще двое были убиты в провинции Парван, к северу от Кабула.
Врач в Джелалабаде сообщил Би-би-си, что в городе был убит один человек, 10 получили ранения.
Протестующие сожгли чучело Барака Обамы. Были подожжены несколько бензовозов.
Один из участников протестов, 18-летний Аджмал заявил агентству Рейтер: "Если американцы будут оскорблять нас таким образом, мы присоединимся к повстанцам".
Посольство США в Кабуле закрыто, сотрудникам посольства запрещено перемещаться по городу.
"Все возбуждены, - сказал житель Кабула Насер Маликзай Би-би-си. - Мне больно, я расстроен. В Facebook создал группу, в которой обсуждал ситуацию со многими людьми. Извинения американцев бесполезны".
Обращение генерала
Министр обороны США Леон Панетта заявил, что он и командующий американскими силами в Афганистане генерал Джон Аллен принесли извинения афганцам.
Во вторник Аллен распорядился провести полное расследование сообщений о сожжении Корана.
"Когда нам стало известно о подобных действиях, мы немедленно вмешались и прекратили их", - говорится в заявлении генерала.
В нем подчеркивается, что Аллен принес искренние извинения за обиду, которая могла быть причинена такими действиями, в том числе президенту Афганистана, правительству и всему народу страны.
Корреспонденты сообщают, что обращение генерала было весьма откровенным. Афганские телеканалы постоянно его повторяют – по-видимому, с целью свести к минимуму возможный ущерб от появившихся сообщений.
Сообщения о том, что солдаты сил коалиции сжигали книги со священными текстами, привели во вторник к крупной демонстрации протеста у авиабазы Баграм.
Местная полиция сообщила Би-би-си о том, что около тысячи человек протестовали у авиабазы, а некоторые старейшины отправились непосредственно на базу для переговоров с представителями сил НАТО.
Журналист Би-би-си сообщает, что он видел в толпе протестующих плачущих людей. Некоторые демонстранты начали бросать в охрану камни и бутылки с зажигательной смесью.
Фотограф агентства Франс пресс сообщил, что охранники авиабазы открыли огонь по толпе резиновыми пулями. При этом люди скандировали "Аллах акбар".
В прошлом подобные случаи приводили к беспорядкам и расправам над иностранцами.
Корреспондент Би-би-си в Кабуле Эндрю Норт передает, что любые сообщения о сожжении или проявлении неуважения к святой для мусульман книге вызывают гнев среди жителей Афганистана.